Кафедра фармацевтического анализа (фармацевтической химии) была основана в 1943 году. С 2016 года кафедру возглавляет д.фарм. наук, профессор Михаил Валерьевич Белоусов. В 2020 году произошло слияние с кафедрой фармакогнозии с курсами ботаники и экологии. 

Кафедра фармакогнозии, которая входит сейчас в состав кафедры фармацевтического анализа, была организована в 1941 году доктором биологических наук, профессором Виктором Владимировичем Ревердатто. 

Профессор Виктор Ревердатто был одним из самых активных исследователей лекарственных растений Сибири. Под его руководством были организованы экспедиции в различные районы Сибири, где производился поиск эфирно-масличных растений, ценных для народного хозяйства, а также выполнялись геоботанические и флористические исследования. Собранные в экспедициях растения подвергались комплексному изучению со стороны ученых-ботаников, химиков, фармакологов и клиницистов. В результате исследований в практику отечественной медицины были введены пустырник, панцерия, синюха, шлемник байкальский, стеллера, пижма, володушка, желтушник левкойный, сирения, голубушка и другие лекарственные растения.

В 1944 году заведование кафедрой было передано Надежде Николаевне Карташовой. В период ее руководства начинает активно создаваться учебная база кафедры. Идет сбор гербария, лекарственного сырья, закладывается питомник лекарственных растений. Также Надежда Карташова основала микроскопическую диагностику лекарственного растительного сырья на кафедре. 

С 1949 года кафедру возглавляла доктор биологических наук, профессор Любовь Николаевна Березнеговская, которая уделяла первостепенное значение четкой организации учебного процесса, развитию научных исследований и подготовке кадров, организации студенческой науки и учебной практики. Любовь Николаевна являлась организатором и участником ряда экспедиций в районы Томской области. В этих исследованиях принимали участие: Т.П. Березовская, Н.В. Д Дощинская, Н.К. Быченникова, Е.Я. Шершевская, а также многие студенты и аспиранты. На основании собранного материала издана монография «Лекарственные растения Томской области», авторов  Л.Н. Березнеговской, Т.П. Березовской, Н.В. Дощинской. Полученные данные передавались в аптечное управление и являлись основой для планирования заготовок лекарственного сырья в Томской области. Также в этот период на кафедре начались работы по культивированию in vitro клеток лекарственных растений.

В 1978 году на должность заведующего кафедрой избирается Дмитрук Степан Евгеньевич. С его приходом на кафедру в качестве заведующего было положено начало новому научному направлению – изучению антигрибковых свойств таких природных источников биологически активных веществ (БАВ) как растения, торф и лечебные грязи. Параллельно с поиском наиболее интересных в антигрибковом отношении источников БАВ выявлялись ранее неизвестные методологические закономерности. 

В нижнем ряду (слева направо): Н.К.Быченникова, Л.Н.Березнеговская,Т.П.Березовская; в верхнем ряду: Н.В.Дощинская, Е.Я.Шершевская, Л.А.Хныкина.

Тамара Павловна Березовская – доктор биологических наук, профессор. Возглавила одно из научных направлений кафедры фармакогнозии – изучение эфиромасличных растений Сибири, их противомикробных и другие фармакологических свойств, а также фармакогностическое исследование эфирно-масличных и других дикорастущих лекарственных растений Сибири и Дальнего Востока. Среди ее учеников доктора наук Г.И. Калинкина, М.А. Ханина, канд. наук М.В. Клокова, В.В. Дудко, Р.В. Усынина, Л.А. Тихонова, Т.Г. Кульпина, С.Е. Лаврененко, Е.А. Серых, А.В. Гришин. Занималась народной медициной, фитотерапией.

С 1951 года кафедрой заведовал Евгений Семенович Смирнов. В этот период кафедра укрепилась кадрами специалистов, закончивших аспирантуру в других учебных заведениях. В частности, на кафедре работала дочь Владимира Николаевича Шмидта – Елена Владимировна, унаследовавшая лучшие научные традиции отца, являющаяся соавтором известного противовоспалительного средства – стампирина.

В 1968 году кафедру возглавил Ефим Авраамович Краснов. С начала 70-х годов основным научным направлением кафедры, которое развивается под руководством профессора Краснова – химическое изучение биологически активных веществ растений флоры Сибири и Дальнего Востока с целью поиска новых фитопрепаратов, а также стандартизация и совершенствование методов анализа лекарственных средств. 

В 1978 году на должность заведующего кафедрой избирается Дмитрук Степан Евгеньевич. С его приходом на кафедру в качестве заведующего было положено начало новому научному направлению – изучению антигрибковых свойств таких природных источников биологически активных веществ (БАВ) как растения, торф и лечебные грязи. Параллельно с поиском наиболее интересных в антигрибковом отношении источников БАВ выявлялись ранее неизвестные методологические закономерности. 

Позже кафедру фармакогнозии возглавила доктор фармацевтических наук, профессор Галина Ильинична Калинкина, являющаяся активным продолжателем научных традиций кафедры. Под ее руководством выполнен ряд диссертационных работ по фитохимическому изучению растительного сырья флоры Сибири (тысячелистник, манжетка обыкновенная, серпуха венценосная и др.) и внедрению его в фармацевтическую практику. 

В 2020 году кафедра вошла в состав кафедры фармацевтического анализа.

Основателем и первым заведующим кафедрой фармацевтической химии, которая входит в состав кафедры фармацевтического анализа, был Владимир Николаевич Шмидт. Вместе с Валентиной Ивановной Великановой им начато исследование химического состава некоторых сибирских лекарственных растений (ревень, кувшинка и других).

Основные объекты исследования – растения родов родиола, очиток, проломник, соссюрея, водяника, василек, княжик. Результатом исследований видов водяники является создание вместе с кафедрой фармакологии СибГМУ первого в мировой практике противоэпилептического фитопрепарата эмпетрин, который разрешен для клинического испытания. 

Другое направление научно-исследовательской работы кафедры – разработка новых и совершенствование существующих методов анализа некоторых лекарственных средств. Разработана нормативная документация на два оригинальных синтетических противоэпилептических средства – галодиф и галонал, разрешенные для лечебного применения и промышленного выпуска. Созданы проекты фармакопейных статей на получаемую из видов водяники субстанцию эмпетрин и его лекарственную форму. 

На кафедре фармацевтического анализа разработано свыше 30 методик анализа индивидуально изготовляемых лекарственных средств.

С 2016 года кафедру возглавляет доктор фармацевтических наук, профессор Михаил Валерьевич Белоусов.