Кафедра была образована в 1932 году, спустя два года после выделения из состава Томского государственного университета двух медицинских факультетов и открытия Томского медицинского института. Новое научно-образовательное подразделение, первоначально получившее название «Кафедра теории советского хозяйства с курсом политэкономии» неразрывно связан с созданием новой системы подготовки медицинских кадров и формирование новой научной интеллигенции.
Несмотря на переименование кафедры (с 1933 года – кафедра политэкономии и теории советского хозяйства; с 1934 года – курс при кафедре социально-экономических дисциплин; с 1950 года – кафедра политэкономии; с 1966-1991 годах кафедра политэкономии и основ научного коммунизма), на протяжении десятилетий деятельность кафедры ориентирована на повышение уровня экономических и правовых знаний обучающихся в сфере организации финансово-хозяйственной деятельности и управления медицинской организацией и учреждений здравоохранения.
Сегодня на кафедре экономики, социологии, политологии и права внедряются передовые методы организации образовательной деятельности, применяются прогрессивные образовательные технологии и развивается интеллектуального, научно-педагогического потенциала дружного коллектива кафедры, разделяющего цели и идеологию кафедры на основе закрепления, развития традиций и социальных ценностей, присущих научно-педагогическому коллективу СибГМУ.
С 2020 года кафедра является структурным подразделением Института интегративного здравоохранения СибГМУ.
С 1970 года кафедру возглавлял Юрий Карлович Шомас, с 1988 по 2010 год сложившиеся традиции продолжила Людмила Ивановна Резчикова. С 2011 года кафедру возглавляла доктор экономических наук, профессор Софья Леонидовна Еремина.
В настоящее время кафедрой руководит Раиса Ахмедовна Эльмурзаева.
