История кафедры берет начало с 1925 года, когда в составе медицинского факультета Томского государственного университета была организована кафедра социальной гигиены. Первым заведующим кафедрой стал земский врач Михаил Степанович Тарасенко.

В июне 1929 года заведующим кафедрой социальной гигиены и одновременно ректором Томского университета стал Давид Владимирович Горфин. После трех лет заведования кафедрой, в 1932 году, Давид Владимирович перешел на должность ректора Центрального института усовершенствования врачей в Москве и заведующего кафедрой социальной гигиены и организации здравоохранения Первого Московского медицинского института им. И.М. Сеченова. Его перу принадлежит около 200 научных работ, в том числе 15 монографий.

19 января 1932 года кафедру социальной гигиены, в то время уже самостоятельного медицинского вуза на востоке страны, возглавил профессор Мискинов Александр Исаевич. С 1929 по 1931 год Александр Мискинов был директором Омского медицинского института и одновременно заведующим кафедрой социальной гигиены в Томске. С 19 января 1932 года до октября 1934 года заведовал кафедрой, затем назначен заведующим отделом сельской сети Наркомздрава РСФСР. В период работы в качестве заведующего кафедрой им опубликовано около 30 научных работ.

С 20 ноября 1935 года кафедру социальной гигиены возглавил доцент Григорий Исаевич Розет. Одновременно с этим Григорий Исаевич был назначен и директором Томского медицинского института.

В 1938 году Министерством здравоохранения в должности заведующего был утвержден Федотов Николай Петрович. Одновременно с заведованием кафедрой Николай Петрович 17 лет был деканом санитарно-гигиенического факультета. С 1944 по 1945 года он совмещал работу заведующего кафедрой с выполнением обязанностей заместителя заведующего Томским Облздравотделом по санитарно-эпидемиологическим вопросам. Николаем Федотовым была создана крупная школа историков медицины Западной Сибири и Дальнего Востока. Впервые были проведены межобластные Урало-Сибирские историко-медицинские конференции, начато сотрудничество с историками медицины ГДР. Николай Петрович был создателем историко-медицинского общества города Томска, председателем которого он был до последних дней своей жизни.

В октябре 1966 года кафедра была переименована в кафедру социальной гигиены и организации здравоохранения. С этого момента почти четверть века кафедру возглавляла ученица Николая Петровича Федотова профессор Галина Ивановна Мендрина. Галина Ивановна Мендрина – инициатор создания и непосредственный организатор музея истории Томского мединститута, который по сей день располагается в биокорпусе СибГМУ. С экспозициями музея были ознакомлены большое количество членов АМН СССР, профессоров многих вузов страны, руководителей органов власти и управления здравоохранением.

В октябре 1990 года заведующим кафедрой был избран доцент, заслуженный врач Российской Федерации Владимир Федорович Олейниченко.

С 1991 года кафедра социальной гигиены и организации здравоохранения была переименована в кафедру социальной медицины, экономики и управления здравоохранения, а с 1996 года стала называться кафедрой организации здравоохранения и общественного здоровья.

В 2003 году заведующим кафедрой организации здравоохранения и общественного здоровья избран доктор медицинских наук Сергей Михайлович Хлынин. По его инициативе в Сибирском государственном медицинском университете в 2003 году был открыт факультет экономики и управления в здравоохранении, деканом которого он являлся до 2013 года.

В марте 2014 года заведующим кафедрой стал кандидат медицинских наук Андрей Анатольевич Орешин. До назначения на должность заведующего Андрей Анатольевич имел за плечами большой опыт работы в практическом здравоохранении. 

С октября 2015 года обязанности заведующего кафедрой организации здравоохранения и общественного здоровья были возложены на Надежду Яковлевну Несветайло, более 15 лет возглавлявшую Бюро медицинской статистики.

В апреле 2019 года исполняющим обязанности заведующего кафедрой был назначен Иван Петрович Шибалков, ранее работавший в должности заместителя директора по организационно-методической работе Бюро медицинской статистики.

С 2021 года кафедра входит в состав института интегративного здравоохранения. 

С марта 2022 года исполняет обязанности заведующего кафедрой доктор медицинских наук, доцент Вадим Андреевич Бойков.