Преподавание врачебной диагностики началось на медицинском факультете Томского Императорского университета в 1890 году. В 1891 году была открыта факультетская терапевтическая клиника. У истоков руководства кафедры стоял выпускник Санкт-Петербургской военно-медицинской академии Александр Павлович Коркунов.  

С 1907 по 1929 год кафедрой заведовал профессор Михаил Георгиевич Курлов. Михаил Георгиевич был человеком с исключительно широкой эрудицией в медицине. Будучи врачом-терапевтом, что называется, от Бога, он знал больного «от головы до пят», читал блистательные лекции по внутренним болезням.

При этом огромной популярностью среди студентов и специалистов пользовались читавшиеся им в разные годы лекции по фармакологии, невропатологии, детским болезням, психиатрии. 

В 1895 году немецкий физик Рентген сообщил об открытии им рентгеновских лучей, а уже в 1896 году Михаилом Георгиевичем была открыта одна из первых в России рентгеновских лабораторий, для которой был приобретен великолепный Гриссоновский рентгенаппарат. 

Михаил Георгиевич создал первую в Сибири авторитетную научно-клиническую медицинскую терапевтов, курортологов и фтизиатров. Среди его учеников и последователей более 20 известных профессоров

С 1941 по 1979 год кафедрой заведовал академик Академии Медицинских Наук (АМН) СССР, заслуженный деятель науки РСФСР, герой социалистического труда, лауреат Государственной премии СССР Дмитрий Дмитриевич Яблоков. Яблоков был учеником, достойным преемником и продолжателем дела основателя сибирской школы терапевтов профессора Михаила Курлова. Наиболее значим его вклад в пульмонологию, фтизиатрию, краевую патологию. 

Дмитрий Дмитриевич был блестящим лектором. Его лекции нередко заканчивались аплодисментами, говорили, что профессор Яблоков преподает не только медицину, но и саму любовь к ней. В 60-е годы он был признан лучшим на конкурсе лекторов среди профессоров всех вузов Томска. 

Яблоков создал свою широко известную в стране школу терапевтов, девизом которой можно считать часто повторяемые им слова: «Интересы больного прежде всего». Всего за период заведования Д.Д. Яблокого на кафедре было подготовлено 76 докторов и 151 кандидат медицинских наук, многие из которых в последующем руководили кафедрами в различных городах страны. 

Будучи человеком высочайшей общей культуры и нравственности, настоящим интеллигентом и патриотом, Дмитрий Дмитриевич отличался необыкновенно яркими и образными высказываниями, навсегда вошедшими в анналы истории Сибирского государственного медицинского университета. 

В годы Великой Отечественной войны коллектив кафедры принимал активное участие в реализации научных исследований по созданию лекарственных средств из Сибирской флоры, которые проводились под руководством академика Николая Васильевича Вершинина. Данная серия работ была удостоена Государственной премии СССР (1946 год). Большое внимание уделялось и проблеме военной травмы легких. 

В послевоенные годы кафедра сконцентрировала свои научные интересы на проблеме туберкулеза. Итогом этих исследований было издание 6 монографий и защита 13 кандидатских диссертаций. 

Курс туберкулеза был преобразован в 1969 году в самостоятельную кафедру. Вместе с тем в этот период отмечалось нарастание проблемы ревматических заболеваний. Итогами этого стали формирование ревматологической службы, зарождение хирургии ревматических пороков сердца, появились первые успехи в лечении системных заболеваний соединительной ткани. 

С 1979 по 2017 год кафедрой заведовал академик Российской академии наук Ростислав Сергеевич Карпов. Под руководством Ростислава Сергеевича основными направлениями научных исследований кафедры становится кардиология, клиническая фармакология, эпидемиология хронических неинфекционных заболеваний. 

При кафедре факультетской терапии создается два новых курса — клинической фармакологии (1984 год) и кардиологии (1998 год). Появилась уникальная возможность использовать современные диагностические технологии института кардиологии, такие как: коронаровентрикулография, эхокардиография, радионуклидные методы исследования, магнитно-резонансная томография и так далее.

С 2018 года кафедрой заведует профессор доктор медицинских наук Игорь Владимирович Долгалёв. Коллектив кафедры старается сохранить замечательные традиции знаменитых предшественников — Михаила Курлова и своего учителя Дмитрия Яблокова, следовать его основополагающим принципам: « … Врач должен всегда помнить завет основоположников отечественной медицины – ближе к постели больного и, хорошо понимая инструментальные методы, чутко относится к больному, то есть нужно сочетание старого и нового – гиппократизма и техницизма».