Одной из первых в составе медицинского факультета была организована кафедра гистологии и эмбриологии, преподавание на которой началось с сентября 1888 года. Первым ее заведующим был назначен прозектор Казанского университета Александр Станиславович Догель. Прибыв 1 июля 1888 года, он приступил к оснащению кафедры и организации преподавания гистологии в трех выделенных для этого учебных комнатах общей площадью 142 м2. Были закуплены реактивы, красители, инструментарий, мебель, микротом, книги, восковые муляжи, микроскопы. 

Александром Догелем была создана крупная коллекция великолепных гистологических препаратов и рисунков по всем разделам общего и частного курсов гистологии для учебных целей. Александр Станиславович продемонстрировал ее Императорскому высочеству наследнику цесаревичу Николаю Александровичу (будущему императору Николаю II) во время посещения Томского университета. Часть учебных и научных препаратов, изготовленных профессором Догелем, сохранилась на кафедре в прекрасном состоянии.

Труды Александра Догеля, выполненные им в Томске и в Казани, принесли автору мировую известность. Именно в Томский период в 1894 году Российское общество охранения народного здравия наградило ученого золотой медалью, а Императорская Санкт-Петербургская Академия наук (с 1917 года Российская Академия наук) присуждает ему полную премию имени академика К.М. Бэра и избирает его членом-корреспондентом по разряду биологических наук. Впоследствии, ввиду исключительных достижений профессора Догеля, Международная ассоциация по изучению нервной системы избрала его своим членом и представителем от России, кроме того, он являлся членом Комитета по присуждению Нобелевских премий.

Перебравшись в 1895 году в Петербург, Александр Станиславович получил место ординарного профессора и возглавил две кафедры гистологии – в университете и в женском медицинском институте. А на должность заведующего кафедрой гистологии был назначен прозектор Казанского университета доктор медицины Алексей Ефимович Смирнов, которому удалось добиться существенного расширения учебных площадей, оснастить кафедру микроскопами и аппаратурой, организовать первоклассную по тем временам гистологическую лабораторию. Алексей Смирнов был блестящим лектором, его умение увлечь слушателей привлекало студентов не только медицинского, но и других факультетов, а также врачей города. В 1908 году профессор Смирнов одним из первых в России организовал Студенческое научное общество им. Н.И. Пирогова. В 1910 году Алексей Ефимович скоропостижно скончался.

В 1911 году на вакантную должность заведующего кафедрой был избран ассистент Варшавского университета, доктор медицины Сергей Георгиевич Часовников. Его научные исследования были посвящены в основном морфологии органов эндокринной системы и кроветворения. Профессор Часовников улучшил оснащение кафедры, сформировал коллектив талантливых преподавателей, создал вместе с учениками прекрасную коллекцию из 1000 демонстрационных препаратов по всем разделам курса с соответствующими рисунками.

Гистологическая лаборатория. 1908 год

После смерти Сергея Часовникова кафедрой временно заведовали профессора Александр Дмитриевич Тимофеевский и Василий Кириллович Хворостухин. В 1924 году заведующим кафедрой избирается воспитанник гистологической школы Петербургского университета профессор Сергей Владимирович Мясоедов. Свою научную деятельность он посвятил, в основном, сравнительно-гистологическим исследованиям соединительной ткани, крови, половых желез у птиц, рыб, амфибий и млекопитающих. 

С декабря 1936 года заведование кафедрой поручается доценту Алексею Михайловичу Хлопкову. Под его руководством коллектив кафедры изучал различные органы экспериментальных животных при децеребрации и хронической потере желчи. 

А.М. Хлопков (в центре) в окружении студентов медицинского факультета ТГУ. 1936 год.

В 1962 году кафедру возглавила доцент Нина Петровна Завадовская. В 1969 году Нина Завадовская перешла на работу в Томский институт курортологии и физиотерапии, а на вакантную должность была избрана доктор медицинских наук, профессор Надежда Миновна Тихонова.

С 1981 по 1998 год кафедрой заведовал доктор медицинских наук, заслуженный деятель науки РФ, член-корреспондент СО МАН ВШ, профессор Александр Иванович Рыжов. Он организовал гистологическую лабораторию с современным оборудованием, а позднее – лабораторию электронной микроскопии. Подготовил учебные стенды с оригинальными рисунками по всем разделам общего и частного курса гистологии и по эмбриологии. Коллективом сотрудников подготовлены и изданы методические руководства, составлены и внедрены в учебный процесс оригинальные программы контроля и тестовые задания по всем разделам предмета.

В 1998 году кафедру возглавил доктор медицинских наук, профессор Логвинов Сергей Валентинович, который продолжает заложенные профессором Догелем традиции в исследовании органа зрения и нервной системы в целом. Проводится большая учебно-методическая работа, особенно касающаяся вопросов профилизации обучения студентов разных специальностей. 

В 2006 году Сергей Логвинов организовал отделение стоматологии на лечебном факультете, инициировал и провел лицензирование специальности «Стоматология» в СибГМУ, а также лицензирование медицинской деятельности по всем видам стоматологической помощи в университете. На кафедре для студентов стоматологического отделения приготовлены наборы шлифов зубов и других препаратов органов ротовой полости, разработан курс лекций, подготовлены методические пособия для практических занятий. 

Коллектив кафедры гистологии, эмбриологии и цитологии в 2007 году: в верхнем ряду (слева направо) – лаборант Путрикова Г.Г., проф. Потапов А.В, асс. Варакута Е.Ю., ст. лаб. Михуля Е.П., асс. Жданкина А.А., аспирант Петрина Ю., ст. преп. Костюченко В.П.; в нижнем ряду – доц. Малиновская И.С., зав. каф. Логвинов С.В., проф. Рыжов А.И., проф. Герасимов А.В.

С 2016 года на кафедре обучаются по англоязычной программе студенты из дальнего зарубежья, для которых подготовлены методические рекомендации, иллюстративный материал и наборы гистологических препаратов, разработан курс лекций по гистологии, эмбриологии и цитологии на английском языке.

За время руководства Сергея Валентиновича дополнительно оснащена современным оборудованием гистологическая лаборатория и учебные классы, внедрены в работу имуногистохимические и люминесцентные методы исследования, приобретены новые микроскопы и системы цифровой визуализации для учебного процесса и научной деятельности кафедры. Обновлены учебные стенды по всем разделам общего и частного курса гистологии, по цитологии и по эмбриологии. Коллективом сотрудников подготовлены электронные и печатные методические руководства, учебные пособия и атлас микрофотографий по всем разделам предмета.

Все сотрудники кафедры регулярно проводят открытые занятия и лекции, участвуют во внедрении проектно-ориентированных и предметно-ориентированных методов обучения, активно участвуют в мероприятиях по привлечению школьников старших классов и студентов к научной работе. За последние два десятилетия у кафедры сложились прочные научные связи с ГНЦ РФ институтом медико-биологических проблем РАН (г. Москва), НИИ фармакологии и регенеративной медицины имени Е.Д. Гольдберга и НИИ Кардиологии ТНИМЦ РАН, Институтом мозга РАМН (ныне – ФГБНУ «Научный центр неврологии», г. Москва), ФГБНУ Федеральным исследовательским центром Института цитологии и генетики СО РАН (г. Новосибирск). 

Коллектив кафедры гистологии, эмбриологии и цитологии в 2010 году: в верхнем ряду (слева направо) – ст. лаб. Михуля Е.П., аспирант Дмитриева М.Л., ст. преп. Костюченко В.П., проф. Потапов А.В, аспирант Баранова Е.В., аспирант Тупицына Т.В., докторант Мустафина Л.Р.; в нижнем ряду – проф. Варакута Е.Ю., зав. каф. Логвинов С.В., проф. Рыжов А.И., проф. Солонский А.В., проф. Герасимов А.В.

По инициативе кафедры и при личном участии профессора Логвинова в 1995 году был открыт Диссертационный совет, а в 2000 году докторантура по специальности 03.00.25 – гистология, цитология, клеточная биология.

Под руководством Сергея Логвинова на кафедре выполняются морфологические разделы диссертаций соискателей с клинических кафедр. Так, на кафедре гистологии выполнили диссертационные исследования М.С. Петрова, О.А. Тихоновская, Ж.Ф. Гайфулина, С.А. Невоструев, Ю.В. Петрина, И.Ю. Бухарина, О.Г. Диш (кафедра акушерства и гинекологии, НИИ акушерства, гинекологии и перинатологии ТНЦ СО РАМН), И.В. Жураковский, Н.В. Пугаченко (кафедра неврологии и нейрохирургии), Е.Н. Ильинских (кафедра инфекционных болезней), Т.А. Сергеева, О.И. Кривошеина, М.А. Мартусевич, Ю.И. Хороших, Е.А. Горбунова (кафедра офтальмологии), М.В. Чебакова, О.Д. Байдик (кафедра стоматологии) и другие. За истекший период под руководством профессора С.В. Логвинова подготовлено и защищено 14 докторских (И.Н. Ильинских, Е.В. Белоусов, А.В. Герасимов А.В., Потапов, Е.М. Жукова, Е.Ю. Варакута, Ф.В. Алябьев, А.В. Солонский, А.А. Денисов, Л.Р. Мустафина, О.Н. Новикова, О.Д. Байдик, А.А. Жданкина, И.А. Петров) и 53 кандидатских диссертаций, опубликовано 15 монографий.

Коллектив единомышленников бережно хранит богатейшие традиции кафедры и стремится достойно продолжить научные достижения основоположников и учителей.