Медицинская кибернетика сформировалась в результате проникновения идей, методов и технических средств кибернетики в медицину, что требует междисциплинарной подготовки специалистов данного направления. 

Совместные разработки по применению достижений медицинской электроники и компьютерной техники в лечебно-диагностическом процессе СибГМУ начал совместно с ТПУ  в 1987 году. Именно тогда Яков Семенович Пеккер, профессор кафедры промышленной и медицинской электроники ТПУ, специалист в области медицинского приборостроения, был приглашен в СибГМУ для развития научных исследований и подготовки специалистов по медицинской кибернетике. По инициативе ректора университета Михаила Медведева на медико биологическом факультете была открыта специальность «Медицинская кибернетика» и сделан первый набор студентов. В ноябре 1988 года Яков Семенович Пеккер был назначен заведующим кафедрой медицинской и биологической кибернетики. 

Кафедры тогда фактически не существовало: был кабинет заведующего, а занятия проходили на кафедре физики в Биологическом корпусе ТМИ (ныне СибГМУ) и на базе Томского политехнического университета.

В 1989 году стал формироваться коллектив сотрудников, приобреталось оборудование, осваивались помещения. Кафедра разместилась в четырех комнатах первого этажа центральной научно–исследовательской лаборатории СибГМУ. Первыми преподавателями стали ученики Якова Семеновича с кафедры промышленной и медицинской электроники ТПУ: С.П. Парахин, О.С. Уманский, В.З. Неленсон. Затем в состав кафедры вошли: Александр Рауш, Иван Земляков, Вячеслав Швецов и другие. В 1991 году кафедра пополнилась преподавателями: Василий Фокин, Тамара Новикова, Ольга Воробейчикова. Позднее сотрудниками стали выпускники кафедры: Константин Бразовский, Наталья Бразовская, Рамиль Нуриахметов, Павел Кетов, Александр Лавров, Михаил Светлик, Иван Толмачев, Дмитрий Рыжков, Станислав Бажин, Наталия Часовских, Оксана Семенова, Евгения Чижик.

В 1995 году кафедра переехала из корпуса ЦНИЛ в староанатомический корпус, где заняла первый и три комнаты второго этажа. В 1998 году кафедре выделили площадь в строящемся новом учебно-лабораторном корпусе. С того момента и по настоящее время кафедра занимает шестой этаж учебно-лабораторного корпуса.


Повсеместное распространение персональных ЭВМ в конце 1980‑х годов, появление компьютерных сетей, совершенствование способов хранения и обработки информации привели к прогрессивным изменениям информационного обеспечения медицины и здравоохранения. Скорость и корректность заполнения медицинских документов, качество информации для принятия и обоснования врачебных решений, достоверность отчётной информации в управлении здравоохранением стали важными факторами эффективности медицинской помощи и уменьшения числа ошибок медицинского персонала. Было осознано, что овладение информационными технологиями должно стать обязательным атрибутом подготовки врачей любой специальности. Однако применение ЭВМ в повседневной практике часто оказывается новшеством для медицинских работников. Многие врачи, медсестры и руководители здравоохранения, особенно старшего поколения, не имели возможности получить подготовку по информатике во время обучения в вузе. Чтобы восполнить этот пробел в 1990 году на кафедре был открыт курс медицинской и биологической кибернетики ФПК и ППС.


Курс, также как и кафедру, с момента создания и до 2018 г возглавлял профессор Я.С. Пеккер, академик РАМТН и МАЭИН. В настоящее время кафедрой руководит доктор медицинских наук Наталия Часовских. Читает лекции и проводит занятия для студентов. Область научных интересов Наталии Часовских – биоинформатика, молекулярные механизмы патологических процессов. Наталия Юрьевна является автором первого в России учебника по биоинформатике для медицинских вузов.