Кафедра основана в 1936 году для преподавания на санитарном факультете. С организацией педиатрического факультета был изменен профиль для преподавания хирургии на педиатрическом, а затем военно-медицинском факультетах. Заведовали кафедрой с 1936 по 1961 годы профессор Константин Николаевич Черепнин, с 1961 по 1968 годы — профессор Ангелина Гавриловна Серебрякова.

Константин Черепнин обладал большим практическим опытом в вопросах  хирургии,  хирургии неотложных состояний в частности (вмешательства при ранениях печени, завороте кишок, перитоните, перфоративной язве желудка и двенадцатиперстной кишки, грыжесечении у детей и др.).Его работы цитировались отечественными и зарубежными авторами.

С приходом на кафедру профессора Ангелины Серебряковой проводились работы по хирургии органов пищеварения. Также Ангелиной Гавриловной было подготовлено 5 кандидатов наук.

С 1969 по 2001 год кафедрой руководил академик Российской Академии Естественных Наук, Лауреат Государственной Премии Российской Федерации, заслуженный деятель науки Российской Федерации, профессор Борис Ильич Альперович. 

Под руководством профессора Альперовича ежегодно проходили обучение более 100 студентов, 15–20 интернов и ординаторов, свыше 100 практикующих хирургов со всей Сибири повышали свою квалификацию. Он широко известен как специалист в хирургическом лечении заболеваний печени и желчевыводящих путей.

Кафедра травматологии, ортопедии, военно-полевой хирургии Томского медицинского института была организована в сентябре 1965 года на базе городской больницы № 1. Ее первым заведующим (1965– 1974) был доктор медицинских наук, профессор Михаил Абрамович Клыков.

Михаил Абрамович разработал методику регистрации движений протезированной конечности, позволявшую получить ясное и четкое представление об элементах движения. Занимался изучением травматизма, гигиеной и вопросами обеспечения населения Томска и области ортопедической обувью. В лечебную практику травматологических больных Михаилом Клыковым был внедрен метод внутрикостного металлосинтеза.

С 2015 года кафедра была реформирована в курс травматологии и ортопедии и присоединена к кафедре хирургических болезней. С 2001 года по 2022 год кафедрой заведовал доктор медицинских наук, профессор, заслуженный врач Российской Федерации, лауреат премии Правительства Российской Федерации по науке Николай Васильевич Мерзликин. 

Николай Васильевич в 1976 году окончил лечебный факультет Томского медицинского института. Закончил интернатуру и клиническую ординатуру на базе городской больницы №3. Профессиональную карьеру начал в Туганской районной больнице, где в 1984 году защитил кандидатскую диссертацию. С 1985 года он ассистент кафедры госпитальной хирургии №2 Томского медицинского института. В 1991 году защитил докторскую диссертацию и стал профессором, в 2001 году был избран на должность заведующего кафедрой хирургических болезней с курсом травматологии и ортопедии СибГМУ. Подготовил 11 кандидатов наук.

Николай Васильевич автор более 25 книг по различной тематике, в основном это касается печени и поджелудочной железы. Монографии написаны коллективно сотрудниками кафедры. Также были изданы учебники, руководства, курсы лекций по хирургии. 

С 2022 года обязанности заведующего кафедрой исполняет доктор медицинских наук, профессор Татьяна Борисовна Комкова. Татьяна Борисовна разработала и внедрила в клиническую практику методы криохирургического лечения ряда заболеваний поджелудочной железы, в том числе острого и хронического панкреатита, кист и опухолей поджелудочной железы, желчного пузыря, внепеченочных желчных протоков, проанализировала особенности течения заболеваний поджелудочной железы при описторхозе.

Татьяна Комкова выяснила роль и место кардиохирургических  вмешательств в лечении ряда заболеваний и возможность использования конструкций из металлов с памятью формы для обработки культи поджелудочной железы.