История кафедры неразрывно связана с историей первого в Сибири фармацевтического факультета при Томском медицинском институте, открытого в сентябре 1941 года. С этого времени формировались основы создания одной из профильных кафедр — технологии лекарств (ныне кафедры фармацевтической технологии и биотехнологии).
Изначально кафедра включала ряд самостоятельных фармацевтических курсов и располагалась на базе фармацевтического училища, после 1945 года — в помещениях цокольного этажа учебного корпуса по проспекту Кирова, 16, площадь которых не превышала 120 м2.
Первым заведующим кафедрой был избран доцент Гофштадт Николай Федорович, имевший специальности провизора и врача, работавший ранее в должности доцента на кафедре фармакологии. Научные интересы Николая Гофштадта были связаны с изучением и внедрением в медицинскую практику кровохлебки лекарственной.
Одним из первых преподавателей кафедры была Неходова Марина Федосеевна, выпускник 1945 года первого набора фармацевтического факультеты проработавшая в этой должности около 40 лет.