История кафедры неразрывно связана с историей первого в Сибири фармацевтического факультета при Томском медицинском институте, открытого в сентябре 1941 года. С этого времени формировались основы создания одной из профильных кафедр — технологии лекарств (ныне кафедры фармацевтической технологии и биотехнологии).

Изначально кафедра включала ряд самостоятельных фармацевтических курсов и располагалась на базе фармацевтического училища, после 1945 года — в помещениях цокольного этажа учебного корпуса по проспекту Кирова, 16, площадь которых не превышала 120 м2.  

Первым заведующим кафедрой был избран доцент Гофштадт Николай Федорович, имевший специальности провизора и врача, работавший ранее в должности доцента на кафедре фармакологии. Научные интересы Николая Гофштадта были связаны с изучением и внедрением в медицинскую практику кровохлебки лекарственной.

Одним из первых преподавателей кафедры была  Неходова Марина Федосеевна, выпускник 1945 года первого набора фармацевтического факультеты проработавшая в этой должности около 40 лет.

В 1954 году на должность заведующего кафедрой был избран профессор Альберт Самойлович Саратиков, который положил начало активной научно-исследовательской работе по разработке лекарственных препаратов.

Школу профессора Альберта Саратикова прошли многие ныне работающие на факультете преподаватели. Научное направление кафедры (факультета) было связано с изучением специфической активности лекарственных растений отечественной флоры и разработке на их основе рациональных лекарственных форм.

Кафедра одна из первых в России пошла по пути биофармацевтического исследования лекарств, расширив круг их общих товароведческих оценок другими параметра, определяющими терапевтическую эффективность препаратов. 

Преподаватели кафедры, аспиранты и студенты, проводили изыскания в области адаптогенов и стимуляторов ЦНС, занимались разработкой на их основе лекарственных форм.

После перехода на кафедру фармакологии Альберт Самойлович долгие годы курировал научное направление кафедры фармацевтической технологии, долгие годы являясь бессметным руководителем проблемной комиссии «Изыскание и изучение фармакологических средств. Вопросы фармации». 

Альберт Самойлович впервые применил методы биохимической фармакологии и установил механизмы кардиотонического действия камфоры. Предложил в качестве заменителя дорогостоящей левовращающей камфоры экономически более выгодную высокоочищенную рацемическую камфору для инъекций. За эти работы профессор Саратиков был удостоен премии Совета министров СССР. 


С 1961 по 1966 годы кафедрой заведовала доцент Зотова Матрена Иосифовна. В это время на кафедре было три самостоятельных курса — технологии лекарств, организации фармации и медицинского товароведения.

С 1966 года кафедру технологию лекарственных форм уже в качестве самостоятельного структурного подразделения возглавила профессор Татьяна Петровна Прищеп.

Сохраняя биофармацевтическую направленность исследований, заложенных профессором Альбертом Саратиковым, кафедра продолжала комплексную работу по созданию оригинальных препаратов в тесном сотрудничестве с другими кафедрами института, а также с ведущими научными организациями и лабораториями города и страны. 

Под ее руководством кафедра продолжила комплексную работу по созданию оригинальных препаратов в тесном сотрудничестве с другими подразделениями института, а также с ведущими научными организациями и лабораториями города и страны. Татьяна Петровна из выпускников фармацевтического факультета защитила докторскую диссертацию. 


В 1999 году на должность заведующего избирается доцент Владимир Сергеевич Чучалин, который первый среди выпускников и преподавателей факультета защищает докторскую диссертацию по технологии получения лекарств и начинает подготовку кадров высшей квалификации по этой специальности.

Владимир Чучалин является высококвалифицированным специалистом в области фармацевтической технологии и лекарствоведения. При его непосредственном участии разработан и зарегистрирован оригинальный лекарственный препарат на основе полифенольного комплекса маакии амурской, эффективность которого не уступает, а по ряду показателей превосходит зарубежные аналоги.

Более 35 лет Владимир Сергеевич занимается педагогической деятельностью, организацией и совершенствованием системы подготовки фармацевтических специалистов. Является инициатором создания базовых кафедр факультета с участием фармацевтических организаций и предприятий.

Организовал подготовку фармацевтических специалистов среднего звена на базе фармацевтического факультета Сибирского государственного медицинского университета.

В 2010 году при факультете организуется лаборатория фармацевтической технологии, оснащение которой позволяет проводить разработку и биофармацевтические исследования лекарственных средств на современном уровне.