Кафедра анатомии человека была основана в 1888 году в составе медицинского факультета Томского Государственного Университета. Первым заведующим кафедрой был назначен профессор кафедры физиологической анатомии Казанского университета Николай Михайлович Малиев.
Деятельность Николая Малиева была направлена на организацию учебного процесса и работу музея кафедры, который начал создаваться со дня основания кафедры.
За период деятельности Николая Михайловича в музей было помещено 924 препарата. Весомый вклад в создание музея кафедры внес прозектор Сергей Михайлович Чугунов. Его коллекция черепов, хранящаяся в музее, до сих пор привлекает внимание исследователей.
Николай Малиев принимал активное участие в общественной жизни: был учредителем Томского общества естествоиспытателей и врачей, деканом факультета и в 1895 году исполнял обязанности ректора университета.
С 1896 года кафедру анатомии человека стал возглавлять профессор Иван Степанович Поповский. Он провел большую работу по пополнению музея кафедры. Занимался сравнительно-анатомическими исследованиями мышц, сосудов и нервов.
В течение восьмилетнего заведования (1896-1904) в музей помещено 797 макроскопических и 52 микроскопических препаратов.