История начинается с кафедры госпитальной хирургической клиники и десмургии с учением о вывихах и переломах, открытой в 1892 году. Первым руководителем кафедры стал Эраст Гаврилович Салищев, являющийся основателем научной и клинической хирургии в Сибири.
Эрастом Гавриловичем были заложены основы урологии и грудной хирургии. Ученики и почитатели Эраста Салищева называли его «Пионером клинической хирургии», «Отцом сибирской хирургии».
Окончил с отличием Медико-хирургическую академию в Санкт-Петербурге со степенью лекаря в 1875 году. Защитил докторскую диссертацию «Топографический очерк мужской промежности».
Эраст Салищев в Томске впервые в мире произвел операцию удаления нижней конечности с половиной таза, а также операцию удаления плечевого пояса с верхней конечностью (5-я операция в России).
Исключительный вклад в развитие кафедры госпитальной хирургической клиники внес ординарный профессор Платон Иванович Тихов, возглавлявший кафедру с 1902 по 1917 год. Профессор Платон Тихов стоял у истоков создания рентгеновской службы в Сибири.
По его инициативе для госпитальной хирургической клиники Томского университета был приобретен рентгеновский аппарат. В 1918 году кафедру госпитальной хирургической клиники возглавил Николай Иванович Березнеговский. Профессор Николай Березнеговский заложил основы «Физиологической хирургии».