Кафедра неврологии и нейрохирургии основана в 1892 году. Организацией курса и преподаванием нервных и душевных болезней занимался профессор частной патологии и терапии Михаил Георгиевич Курлов.
Первым профессором, заведующим кафедрой, был доцент Военно-медицинской академии Яков Афанасьевич Анфимов, который прибыл в Томск из Петербурга в 1982 г. Он положил начало организации физиотерапевтического кабинета и гистопатологической лаборатории, начал создавать библиотеку и музей кафедры. Осенью 1894 года кафедру возглавил Михаил Николаевич Попов – доцент Харьковского университета. Он заведовал кафедрой в течение 13-ти лет. Ему удалось расширить клиническую базу до 10 коек и организовать психотехническую лабораторию. После его ухода из жизни в 1908 году на кафедру был назначен Владимир Александрович Муратов – директор Саратовской психиатрической больницы. В 1911 году благодаря пристройке к главному корпусу клиника нервных болезней расширилась на одну палату и аудиторию.