Кафедра неврологии и нейрохирургии основана в 1892 году. Организацией курса и преподаванием нервных и душевных болезней занимался профессор частной патологии и терапии Михаил Георгиевич Курлов. 

Первым профессором, заведующим кафедрой, был доцент Военно-медицинской академии Яков Афанасьевич Анфимов, который прибыл в Томск из Петербурга в 1982 г. Он положил начало организации физиотерапевтического кабинета и гистопатологической лаборатории, начал создавать библиотеку и музей кафедры. Осенью 1894 года кафедру возглавил Михаил Николаевич Попов – доцент Харьковского университета. Он заведовал кафедрой в течение 13-ти лет. Ему удалось расширить клиническую базу до 10 коек и организовать психотехническую лабораторию. После его ухода из жизни в 1908 году на кафедру был назначен Владимир Александрович Муратов – директор Саратовской психиатрической больницы. В 1911 году благодаря пристройке к главному корпусу клиника нервных болезней расширилась на одну палату и аудиторию. 


После отъезда Владимира Муратова заведующим кафедрой нервных болезней стал профессор Николай Николаевич Топорков (до 1917 года). При нем стали широко применять спинномозговую пункцию. В 1918 году кафедру возглавил доктор медицины, профессор Леонид Иванович Омороков. Он обучался в западноевропейских клиниках Оппенгейма, Дежерина, Бабинского, Крепелина, Альцгельймера, в Пастеровском институте у Эрлиха. Организовал в 1936 году первую в Сибири кафедру нервных болезней из объединенной кафедры нервных и душевных болезней, расширил фонд клиники до 50 коек. Создал научный студенческий кружок по неврологии. Его основной вклад в историю отечественной и мировой неврологии — изучение кожевниковской эпилепсии в Сибири.

Исследования кожевниковской эпилепсии и клещевого энцефалита продолжил профессор Николай Васильевич Шубин, который заведовал кафедрой нервных болезней с 1936 по 1973 гг. Николай Васильевич Сибири открыл первое в Сибири отделение детской неврологии. С 1973 г. кафедрой заведовал доцент Вадим Федорович Терентьев, продолживший исследования клещевого энцефалита, талантливый педагог и ученый, занимавшийся активной общественной деятельностью. С 1976 по 1987 гг. возглавлял кафедру профессор Анатолий Яковлевич Шияневский. Под его руководством сотрудники кафедры занимались изучением механизмов развития, клинических проявлений и лечения миопатий. Среди его учеников — Татьяна Андреевна Валикова, защитившая кандидатскую диссертацию по миопатии, доцент кафедры.


Клинический разбор пациента, 1960 год

С 1988 по 2002 гг. кафедру возглавлял профессор Николай Иванович Команденко, выпускник Военно-Медицинской Академии имени С.М. Кирова (г. Санкт-Петербург). Основные научные труды профессора посвящены проблемам клещевого энцефалита, и инфекционно-аллергических заболеваний нервной системы, вопросам военной неврологии. За 14 лет Николай Иванович организовал вокруг себя дружный, сплоченный коллектив врачей и молодых ученых. Под его руководством проводились приоритетные исследования в области патогенеза и диагностики инфекционно-аллергических заболеваний нервной системы, в частности, демиелинизирующих воспалительных полиневропатий, рассеянного склероза и хронических воспалительных процессов в мягких мозговых оболочках.

Впервые разработана и изучена экспериментальная модель остеохондроза позвоночника. 

С 2001 г. на кафедре был открыт противоэпилептический кабинет для изучения пароксизмальных состояний у детей и взрослых с использованием современных критериев диагностики и лечения. С 1994 г. на кафедре открыт курс неврологии для повышения квалификации и профессиональной переподготовки специалистов.


С 2002 г. по настоящее время кафедру возглавляет ученица Николая Ивановича Команденко — доктор медицинских наук, профессор Валентина Михайловна Алифирова. За время ее работы на базе кафедры неврологии и нейрохирургии открыт Центр рассеянного склероза, кабинет экстрапирамидных нарушений, эпилепсии и пароксизмальных состояний, нейрофизиологическая лаборатория. Организованы «Школы Здоровья» для больных с болезнью Паркинсона, рассеянным склерозом и их родственников и «Школы памяти» для жителей г. Томска. Под руководством В.М. Алифировой защищены 29 кандидатских и 3 докторские диссертации. Являясь с 2006 года по настоящее время главным внештатным-специалистом неврологом департамента здравоохранения Томской области, совместно с коллективом кафедры координирует неврологическую службу города, поддерживает научные и дружеские связи с неврологами России. Является членом Президиума правления Всероссийского общества неврологов, Членом Российского общества клинических исследователей рассеянного склероза, входит в состав экспертных коллективов России по направлению рассеянного склероза и других аутоиммунных заболеваний нервной системы, а также рабочих групп по разработке Клинических рекомендаций по данному направлению.

Кафедра неврологии и нейрохирургии продолжает сохранять традиции своих учителей, основанных на классических подходах в неврологии. Коллектив кафедры активно разрабатывает новые современные научные направления с последующим внедрением результатов научно-исследовательских проектов в реальную клиническую практику.