Кафедра онкологии впервые появилась в виде самостоятельного курса онкологии на базе Томского областного онкодиспансера в сентябре 1974 г. Организатор и руководитель кафедры — профессор Глафира Иосифовна Коваленко.

В сентябре 1977 г. курс был переведён в статус кафедры онкологии ТМИ, которой до 1987 г. руководила профессор Г.И. Коваленко. Глафира Иосифовна в 1946 окончила с отличием лечебный факультет ТМИ, осталась в клинической ординатуре на кафедре госпитальной хирургии, где прошла путь от врача-ординатора до профессора. Защитила кандидатскую диссертацию под руководством академика РАМН, профессора Андрея Савиных на тему "Базедова болезнь". Ученики профессора Коваленко стали известными практическими хирургами, профессорами и научными сотрудниками. Глафира Иосифовна была широкообразованным и требовательным педагогом, прекрасным лектором, высококвалифицированным и многоплановым клиницистом, человеком неутомимой энергии и работоспособности.


Осенью 1985 г. по приказу ректора ТМИ Михаила Андреевича Медведева кафедра онкологии переведена из онкодиспансера на базу НИИ онкологии. В 1986-1996 аведовал кафедрой директор НИИ онкологии, член-корреспондент РАМН, профессор Борис Николаевич Зырянов. В 1960 за работу «Аллопластика брюшной аорты в эксперименте» Борис Зырянов стал лауреатом Всесоюзного конкурса студентов. Окончил ин-т (1963) по специальности «Лечебное дело» с квалификацией «врач». С 1963 – ординатор, с 1965 – аспирант, с 1967 – ассистент, с 1975 – доцент кафедры общей хирургии ТМИ. В 1977–1986 – заведовал кафедрой факультетской хирургии ТМИ (с 1979 по совместительству). С 1979 – заместитель директора по научной работе Сибирского филиала Всесоюзного онкологического научного центра АМН СССР. В 1986–2001 – директор НИИ онкологии ТНЦ СО РАМН. В 2001–2002 – советник НИИ онкологии ТНЦ СО РАМН. Одновременно в 1979–2002 – руководитель отделения торакоабдоминальной онкологии НИИ онкологии ТНЦ СО АМН СССР (с 1991 ТНЦ СО РАМН).

В сентябре 1998 года кафедра онкологии переведена в курс онкологии при кафедре госпитальной хирургии. С весны 2003 г. курс онкологии вновь стал самостоятельной кафедрой, которой заведовала профессор Глафира Иосифовна Коваленко. Весной 2005 г. временно исполняющим обязанности заведующего кафедрой стал доцент Борис Сергеевич Ходкевич (позднее профессор). Область его научных интересов — хирургическое и комбинированное лечение злокачественных новообразований. Борис Сергеевич изучал использование склеивающих веществ в легочной хирургии. Доказал их эффективность для закрытия культи бронха и сосудов после удаления легкого. Борис Ходкевич разработал методику сочетанного скрепочно-клеевого закрытия культи бронха, успешно применявшаяся в клинике. Разработанная методика позволила снизить количество послеоперационных бронхоплевральных осложнений при радикальных хирургических вмешательствах на легких. С конца 80-х предложил интраоперационную лучевую терапию у больных раком легкого, пищевода, саркомой мягких тканей и костей с использованием оригинального малогабаритного бетатрона МИБ-6э, созданного в НИИ интроскопии при ТПИ. Размещение такого бетатрона в операционном блоке сделало возможным ежедневное проведение интраоперационного облучения. Разработал приемы и устройства для защиты критических органов и тканей от повреждающего действия облучения во время хирургического вмешательства.

В 2006 году кафедрой онкологии стал заведовать директор НИИ онкологии, профессор, академик РАМН с 2011 г., академик РАН с 2013 г. Евгений Лхамацыренович Чойнзонов. Евгений Лхамацыренович является автором более 1000 печатных трудов, в том числе 30 монографий, более 300 российских и зарубежных статей. Основные направления научной деятельности Евгения Чойнзонова связаны с разработкой методов ранней диагностики, органосохранного и реконструктивно-пластического хирургического лечения, комбинированной терапии, реабилитации больных со злокачественными новообразованиями области головы и шеи, изучением механизмов канцерогенеза и опухолевой прогрессии. Для повышения эффективности лечения и функциональных результатов у больных он разработал и внедрил в клиническую практику оригинальные хирургические операции с использованием одномоментного замещения послеоперационных дефектов эндопротезами из пористого никелида титана и микрохирургической аутотрансплантации тканей. 

Евгений Лхамацыренович Чойнзонов

В 80-е годы он стал инициатором исследований по реабилитации онкологических больных, уже в то время поставив в приоритет наравне с эффективностью лечения, проблему качества жизни. Более 35 лет посвятил развитию медицинской науки в России и Сибири, прошел путь от младшего научного сотрудника до директора Томского НИИ онкологии. Евгений Чойнзонов – крупный ученый, талантливый хирург, выдающийся организатор, успешно развивающий перспективные направления, посвященные фундаментальным аспектам патогенеза опухолей и трансляции достижений в медицинскую практику.

Сегодня кафедра располагается во вновь построенном помещении на территории НИИ онкологии (первый и второй клинические корпуса).