Кафедра патологической анатомии начала свое существование 23 апреля 1890 года, располагалась в здании старого анатомического корпуса. Константин Николаевич Виноградов привез с собой в Томск необходимый учебный материал и набор макропрепаратов. Его самый известный труд — открытие и описание печеночной двуустки (сибирской). Позже она получила название двуустки Виноградова.
Вторым заведующим кафедрой с 1892 г. стал представитель Киевской школы патологической анатомии - профессор Иван Иванович Судакевич. Его основные работы касаются паразитизма и фагоцитоза в раковых опухолях, а также вопросов инфекционной патологии.
После него в 1897 году кафедру возглавил профессор Федор Иванович Романов, представитель Харьковской школы. Федор Иванович немало сделал для пополнения музея макропрепаратов и коллекции микропрепаратов. Его научные интересы касались инфекционной патологии, онкологии и эхинококкоза.