Биологическая физика как учебная дисциплина появилась в медицинских институтах в 1964 году. В Томском медицинском институте чтение теоретического курса для врачебных факультетов было поручено доценту кафедры нормальной физиологии Михаилу Андреевичу Медведеву. В 1974 г. этот лекционный курс был передан ассистенту той же кафедры Михаилу Борисовичу Баскакову.

В 1976 году по инициативе декана медико-биологического факультета доцента Николая Петровича Повираева организуется самостоятельный курс биофизики при медико-биологическом факультете (МБФ). Курс состоял из двух человек — заведующего — доцента Михаила Баскакова и старшего лаборанта С.Л. Стуканова.

В 1978 году приказом ректора института Михаила Медведева открывается кафедра биофизики МБФ. Она стала второй в СССР кафедрой биофизики в медицинском институте. Заведующим был избран доцент Михаил Баскаков.

1978-1981 года были временем напряженной методической работы сотрудников кафедры. В то время отсутствовали какие-либо методические материалы по подготовке врачей-биофизиков. В течение трех лет были созданы квалификационная характеристика, паспорт специальности, программы для биофизиков и биохимиков, методические разработки для студентов и преподавателей и другое. В это же время кафедра оснащается необходимым лабораторно-техническим оборудованием для учебной и научной работы.

Предметом особой гордости сотрудников явился не имеющий аналогов в СССР практикум по спектральным и микроскопическим методам в биологии и медицине, который включал в себя световую и электронную микроскопию, рентгено-структурный анализ, ядерную магнитную и электронную парамагнитную спектроскопию, ультрафиолетовую и инфракрасную спектрофотометрию, Мессбауэровскую и масс-спектрометрию, пламенную фотометрию. Для организации этого практикума использовались научные и учебные лаборатории вузов и НИИ Томска, лаборатория спектрального анализа ЦНИЛ ТМИ. В проведении занятий со студентами участвовали лучшие специалисты этих учреждений.

В 1981 году состоялся первый выпуск врачей-биофизиков.


Основным направлением подготовки студентов-биофизиков в СибГМУ стала клиническая биофизика, что было обозначено еще в 1979 году на I совещании заведующих кафедрами медико-биологических факультетов СССР. 

В связи с изменением порядка сертификации специалистов, а также участием кафедры в системе последипломного образования название кафедры было дополнено. Новое название — кафедра биофизики и функциональной диагностики.


1992 год

Основным направлением подготовки студентов-биофизиков в СибГМУ стала клиническая биофизика, что было обозначено еще в 1979 году на I совещании заведующих кафедрами медико-биологических факультетов СССР. 

В связи с изменением порядка сертификации специалистов, а также участием кафедры в системе последипломного образования название кафедры было дополнено. Новое название — кафедра биофизики и функциональной диагностики.

Больше внимания стало уделяться подготовке специалистов для практического здравоохранения. Кафедра получила постоянную клиническую базу в лаборатории функциональной диагностики факультетских клиник СибГМУ, начато преподавание функциональной диагностики для студентов всех специальностей МБФ. Важным шагом в развитии данного направления явилось создание по инициативе декана МБФ доцента Сергея Иосифовича Карася межкафедральной учебной лаборатории функциональной диагностики. В 2015 году на кафедре создана учебная лаборатория, которая оборудована современным функционально-диагностическим оборудованием. На базе лаборатории студенты получают практические навыки в области функциональной диагностики и необходимые выполнения исследований, компьютерной обработки результатов и подготовки диагностических заключений. С большим интересом студенты выполняют в лаборатории курсовые и дипломные работы, исследования в рамках студенческой научной работы.

С 2013 года кафедрой заведует доктор медицинских наук, доцент Светлана Валерьевна Гусакова.

В 2020 году в связи с реорганизацией кафедры физики преподавание курса физики перешло на кафедру биофизики и функциональной диагностики. Объединение кафедр явилось серьезным научным и образовательным потенциалом, появились новые возможности в развитии кафедры.