Медицинская кибернетика сформировалась в результате проникновения идей, методов и технических средств кибернетики в медицину, что требует междисциплинарной подготовки специалистов данного направления.
Совместные разработки по применению достижений медицинской электроники и компьютерной техники в лечебно-диагностическом процессе СибГМУ начал совместно с ТПУ в 1987 году. Именно тогда Яков Семенович Пеккер, профессор кафедры промышленной и медицинской электроники ТПУ, специалист в области медицинского приборостроения, был приглашен в СибГМУ для развития научных исследований и подготовки специалистов по медицинской кибернетике. По инициативе ректора университета Михаила Медведева на медико биологическом факультете была открыта специальность «Медицинская кибернетика» и сделан первый набор студентов. В ноябре 1988 года Яков Семенович Пеккер был назначен заведующим кафедрой медицинской и биологической кибернетики.
Кафедры тогда фактически не существовало: был кабинет заведующего, а занятия проходили на кафедре физики в Биологическом корпусе ТМИ (ныне СибГМУ) и на базе Томского политехнического университета.
В 1989 году стал формироваться коллектив сотрудников, приобреталось оборудование, осваивались помещения. Кафедра разместилась в четырех комнатах первого этажа центральной научно–исследовательской лаборатории СибГМУ. Первыми преподавателями стали ученики Якова Семеновича с кафедры промышленной и медицинской электроники ТПУ: С.П. Парахин, О.С. Уманский, В.З. Неленсон. Затем в состав кафедры вошли: Александр Рауш, Иван Земляков, Вячеслав Швецов и другие. В 1991 году кафедра пополнилась преподавателями: Василий Фокин, Тамара Новикова, Ольга Воробейчикова. Позднее сотрудниками стали выпускники кафедры: Константин Бразовский, Наталья Бразовская, Рамиль Нуриахметов, Павел Кетов, Александр Лавров, Михаил Светлик, Иван Толмачев, Дмитрий Рыжков, Станислав Бажин, Наталия Часовских, Оксана Семенова, Евгения Чижик.
В 1995 году кафедра переехала из корпуса ЦНИЛ в староанатомический корпус, где заняла первый и три комнаты второго этажа. В 1998 году кафедре выделили площадь в строящемся новом учебно-лабораторном корпусе. С того момента и по настоящее время кафедра занимает шестой этаж учебно-лабораторного корпуса.