Томская урология, как и вся медицинская наука Сибири, берет свое начало с 1888 года, когда состоялось торжественное открытие первого за Уралом и девятого в России Императорского Томского университета. 

Университет начал действовать в составе единственного на протяжении последующих десяти лет медицинского факультета. Для преподавания в Томск приехали многие молодые ученые из разных университетов. Среди них был приват-доцент Военно-медицинской академии Эраст Гаврилович Салищев, назначенный 24 июня 1890 года экстраординарным профессором по кафедре топографической анатомии и оперативной хирургии. С 11 марта 1892 года он был переведен на должность ординарного профессора вновь организованной кафедры госпитальной хирургии и десмургии с учением о вывихах и переломах (второй госпитальной хирургической клиники в России). К тому времени Эраст Салищев имел большой опыт в хирургическом лечении урологических больных. 


Профессор Э.Г. Салищев во время операции. 1890-е гг.

Профессор Николай Иванович Березнеговский, возглавивший клинику госпитальной хирургии после смерти Платона Тихова, окончательно решил вопрос клинической пригодности пересадки мочеточников в кишечник у онкологических больных. 

Профессор Николай Алексеевич Богораз с самого начала своей карьеры, работая в Томске под руководством профессора Тихова, значительную часть деятельности уделял урологическим проблемам. В 1909 году им опубликованы работы по имплантации мочеточников в прямую кишку при экстрофии мочевого пузыря, выполнении пересадки мочеточника в кишку при его опухоли, когда после резекции мочеточника невозможно выполнить уретеро-уретероанастомоз. Интересные публикации посвящены урогенитальным травмам. В 1936 году, работая уже в Ростове-на-Дону, Николаем Богоразом были успешно выполнены операции фаллоуретропластики и фаллопротезирования. Сейчас эта операция описана во всех современных классических руководствах по эректильной дисфункции как операция Богораза, а сам автор называется «пионером мировой фаллопластики и фаллопротезирования». 

Одновременно с Тиховым в Томском университете, вначале на кафедре общей хирургии, а затем факультетской хирургии профессором Владимиром Михайловичем Мышом проводится большая работа по организации урологической службы в Сибири. Он внедряет рентгенологическое и эндоскопическое обследование, разрабатывает новые методы хирургической помощи урологическим больным. На кафедре ведется преподавание курса урологии. 

В 1931 году преподавание урологии вновь возвращается на кафедру госпитальной хирургии.

Заведующий кафедрой госпитальной хирургии академик Андрей Григорьевич Савиных осуществлял основное научное направление кафедры по диагностике и лечению заболеваний желудка и пищевода. Андрей Савиных предложил оригинальную методику нефропексии. Профессор Клавдия Николаевна Зиверт и доцент Е.А.Емельянова занимались вопросами аномалий развития мочевыделительной системы. Клиника имела свой амбулаторный урологический кабинет.

В 1947 году с приходом на кафедру факультетской хирургии профессора Владимира Михайловича Воскресенского курс урологии был вновь возвращен на эту кафедру. Доцентом по курсу урологии был избран Н.А.Кузнецов. Период его деятельности характеризуется в основном консервативным направлением в лечении урологических больных. Количество операций на органах мочевыделительной системы было невелико.

В 1959 году доцентом кафедры факультетской хирургии по курсу урологии утверждается И.С.Петров. Клиника становится организационно-методическим центром урологической службы Томской области. На базе клиники готовятся врачи-урологи для системы городского и областного здравоохранения. 

В 1976 году организован самостоятельный курс урологии. На курсе разрабатываются и внедряются в практику новые методы диагностики и лечения: послойная цистография, приспособление для прицельной установки иглы во время внутрикостной тазовой флебографии, внутрипросветная и акупунктурная (накожная) регистрация биопотенциалов верхних мочевых путей, бесшовный терминальный анастомоз уретры в раннем посттравматическом периоде, диафаноцистоскопия и другие.

C ноября 1993 по июнь 1994 года курс урологии временно возглавлял В.А.Давыдов. В последующем заведующим курсом становится доцент Александр Владимирович Гудков. 

В 1994 году кафедра и клиника урологии возвращаются в стены госпитальных клиник СибГМУ. В 2002 году организуется кафедра урологии и Александр Гудков переводится на должность профессора и заведующего кафедрой.

Научную и педагогическую деятельность Александр Гудков успешно сочетал с большим объёмом лечебно-консультативной работы в городе Томске и Томской области, выполнял большой объём практической помощи. Ежегодно проводил более 200 сложнейших операций, оказывал консультативную помощь в клиниках СибГМУ и других лечебных учреждениях региона.

Совместно с сотрудниками ТПУ, НИИПП, НИИ урологии Министерства здравоохранения Российской Федерации изучал механизмы камнеобразования в мочевыводящих путях, работал над созданием приборов для электростимуляции мочевыделительных органов и металлоконструкции из никелида титана для урологических целей. На XXVII конгрессе Европейской ассоциации урологов во Франции в 2012 году доклад профессора СибГМУ Александра Гудкова был признан лучшим по направлению «Новые исследования. Инновации». Профессор презентовал медицинский прибор для электроимпульсной литотрипсии, представляющий новое направление в лечении мочекаменной болезни. Томская разработка вызвала большой интерес зарубежных коллег.

Под руководством Александра Владимировича кафедра урологии СибГМУ стала ведущей кафедрой Сибири и Дальнего Востока

С мая 2021 года исполняет обязанности заведующего кафедрой общей и детской урологии-андрологии профессор кафедры Вячеслав Семенович Бощенко. 

С мая 2021 года исполняет обязанности заведующего кафедрой общей и детской урологии-андрологии профессор кафедры Вячеслав Семенович Бощенко. 

Научные и профессиональные интересы Вячеслава Семеновича лежат в области совершенствования методов диагностики и лечения широко распространенных урологических заболеваний: мочекаменная болезнь, доброкачественная гиперплазия предстательной железы, недержание мочи, а также актуальных вопросов андрологии, онкоурологии, нейроурологии и эндоурологии. С 2021 года является председателем Томского регионального отделения Российского общества урологов.