Кафедра была открыта в 1891 году, через 3 года после создания Императорского университета в Томске, и стала первой кафедрой данного профиля за Уралом. В 2022 году кафедра отметила 131-ю годовщину со дня образования.
Первоначально курс детских болезней входил в состав кафедры акушерства и женских болезней. Спустя два года после открытия университета среди профессоров-клиницистов поднимается вопрос о необходимости создания самостоятельной кафедры и клиники для больных детей. На заседании совета Томского университета 12 декабря 1890 года при обсуждении вопроса об открытии с осени 1891 года факультетских клиник на долю детской клиники было выделено 10 коек, из которых 8 предназначались для общих больных и 2 — для инфекционных. С этого времени кафедра стала учебной и лечебной базой преподавания детских болезней — первой школой подготовки детских врачей в Сибири.
Первым заведующим кафедрой в 1892 году стал приват-доцент Харьковского университета Леонид Леонидович Бартенев.