Музей анатомии человека был создан одновременно с открытием кафедры нормальной анатомии Императорского Томского университета в 1888 году. Основатель музея — первый заведующий кафедрой, профессор, доктор медицины Николай Михайлович Малиев.
За небольшой период сотрудниками кафедры было изготовлено 594 препарата, с которых и начинается история музея.
Огромный вклад в развитие музея и пополнение его коллекции внёс профессор Гордей Максимович Иосифов, известный всему миру не только как основатель отечественной лимфологии, но и как главный консультант работ по бальзамированию тела В. И. Ленина. Уникальная коллекция его экспонатов до сих пор является гордостью нашего музея.
В настоящее время музей насчитывает более 2000 экспонатов по нормальной анатомии опорно-двигательного аппарата, суставов и мышц, сосудистой системы, лимфатической системы, периферической и центральной нервных систем, черепно-мозговых нервов, мочеполовой и дыхательной системам, пищеварительной системы, экспозиции по сравнительной анатомии человека и животных, порокам развития человека, коллекцию черепов прозектора С.М. Чугунова. Это влажные препараты в растворе формалина, костные и костно-восковые препараты, коррозионные препараты и муляжи.
В музее кафедры с момента основания и до наших дней активно проводится образовательная деятельность.
Это учебная база для студентов 1 и 2-го курсов лечебного, педиатрического и стоматологического факультетов, а также студентов медико-биологического факультета и медико-фармацевтического колледжа. Музей открыт для студентов с 9.00 до 15.00, когда во время занятий преподаватели знакомят студентов с демонстрационными препаратами, а также историей нашего университета. Кроме того, студенты СибГМУ имеют возможность принять участие в реставрации музейных экспонатов и изготовлении новых. Экспонаты музея используются для проведения научных исследований преподавателями и студентами, написания научных статей.