Музей патологической анатомии основан в 1890 году первым заведующим кафедрой патологической анатомии, профессором Константином Николаевичем Виноградовым, который привез в Томск из Петербургской медико-хирургической академии набор макропрепаратов. Эта коллекция и послужила началом создания патологоанатомического музея, что, в свою очередь, позволило начать обучение по дисциплине «Патологическая анатомия».
В настоящее время музей занимает то же самое помещение, что и более 100 лет назад. Площадь музея составляет 160 кв.м, экспозиционная площадь — 124 кв.м.. Фонд патологоанатомического музея насчитывает более 3 000 экспонатов, в том числе влажные макропрепараты, костные препараты и муляжи, демонстрирующие изменения в органах и тканях человека при самых различных патологических процессах и заболеваниях. Основное количество препаратов изготовлено из секционного материала, полученного в процессе патологоанатомических вскрытий, и несравненно меньшая часть экспонатов представляет собой органы, фрагменты органов и тканей, удаленные у больных в ходе хирургических операций.
Музей патологической анатомии является, в первую очередь, серьезной учебной базой. В этом плане значение патологоанатомического музея для студентов-медиков трудно переоценить, поскольку музей в процессе обучения дает возможность будущим врачам увидеть морфологические проявления самых распространенных и в то же время очень редких заболеваний, а также доступно и наглядно продемонстрировать динамику и фазы морфогенеза патологических процессов и болезней.
На сегодняшний день музей обладает уникальной коллекцией экспонатов, представляющих большое разнообразие онкологической патологии, занимающей в настоящее время как в мире, так и в России второе место в структуре смертности населения после заболеваний сердечно-сосудистой системы. В том числе представлены препараты резко запущенных злокачественных опухолей лица, конечностей, забрюшинного пространства, опухоли сердца. Среди экспонатов музея можно встретить препараты проказы, сапа, натуральной оспы, брюшного тифа, деструктивные формы туберкулеза, осложнения третичного периода сифилиса, которые либо очень редко, либо уже совсем не встречаются в настоящее время.
В то же время в музее находятся экспонаты, демонстрирующие современные сложные методы хирургического лечения различной патологии, например, пластики аорты и крупных магистральных артерий. Экспонаты музея дают возможность наглядно увидеть и большое количество заболеваний сердца и сосудов, а также органов центральной нервной системы, дыхания, пищеварения, мочеполовых органов, патологию беременности и др. В числе уникальных препаратов — большое количество врожденных уродств и пороков развития детей.
