Музей патологической анатомии является, в первую очередь, серьезной учебной базой. На кафедре ежегодно проходят обучение студенты 2-го, 3-го и 4-го курсов лечебного, педиатрического и стоматологического факультетов по дисциплинам «Патологическая анатомия, клиническая патологическая анатомия», «Патологическая анатомия головы и шеи», «Онкоморфология челюстно-лицевой области».
Студенты 6-го курса лечебного и педиатрического факультетов занимаются на базе кафедры по секционному курсу. В этом плане значение патологоанатомического музея для студентов-медиков трудно переоценить, поскольку музей в процессе обучения дает возможность будущим врачам увидеть морфологические проявления самых распространенных и в то же время очень редких заболеваний, а также доступно и наглядно продемонстрировать динамику и фазы морфогенеза патологических процессов и болезней.