В настоящее время музей занимает то же самое помещение, что и более 100 лет назад. Площадь музея составляет 160 кв.м, экспозиционная площадь — 124 кв.м.. Фонд патологоанатомического музея насчитывает более 3000 экспонатов, в том числе влажные макропрепараты, костные препараты и муляжи, демонстрирующие изменения в органах и тканях человека при самых различных патологических процессах и заболеваниях. Основное количество препаратов изготовлено из секционного материала, полученного в процессе патологоанатомических вскрытий, и несравненно меньшая часть экспонатов представляет собой органы, фрагменты органов и тканей, удаленные у больных в ходе хирургических операций.
На сегодняшний день музей обладает уникальной коллекцией экспонатов, представляющих большое разнообразие онкологической патологии, занимающей в настоящее время как в мире, так и в России второе место в структуре смертности населения после заболеваний сердечно-сосудистой системы. В том числе представлены препараты резко запущенных злокачественных опухолей лица, конечностей, забрюшинного пространства, опухоли сердца. Среди экспонатов музея можно встретить препараты проказы, сапа, натуральной оспы, брюшного тифа, деструктивные формы туберкулеза, осложнения третичного периода сифилиса, которые либо очень редко, либо уже совсем не встречаются в настоящее время. Тот факт, что большинство данных препаратов относится к первым десятилетиям ХХ века, свидетельствует о низком уровне медицинской помощи в начале прошлого столетия. В то же время в музее находятся экспонаты, демонстрирующие современные сложные методы хирургического лечения различной патологии, например, пластики аорты и крупных магистральных артерий. Экспонаты музея дают возможность наглядно увидеть и большое количество заболеваний сердца и сосудов, а также органов центральной нервной системы, дыхания, пищеварения, мочеполовых органов, патологию беременности и др. В числе уникальных препаратов — большое количество врожденных уродств и пороков развития детей. Систематизация препаратов проведена по органному принципу.