Основателем музея, заложившим основы экспозиции и существующей по сей день коллекции препаратов, был профессор Михаил Федорович Попов, который приехал в Томск из Харькова в 1891 году и более 25 лет заведовал кафедрой судебной медицины. Изначально музей, как и кафедра судебной медицины, располагался в старом анатомическом корпусе в Университетской роще. Однако по инициативе Попова М.Ф. в период 1904-1907 гг. был построен Новоанатомический корпус, в котором сосредоточились на тот момент времени все морфологические кафедры медицинского университета, в том числе, кафедра нормальной анатомии, кафедра патологической анатомии, кафедра морфологии и общей патологии, а также кафедра судебной медицины. До сих пор во всех музеях Новоанатомического корпуса, в том числе в музее судебной медицины, бережно хранятся мебель, стенды, уникальные шкафы и экспонаты, насчитывающие более 100 лет своего существования.
Большинство экспонатов, составляющих коллекцию музея судебной медицины, представляли собой вещественные доказательства по различным уголовным делам, и, соответственно, имеют свою собственную историю со своими героями и трусами, подлецами, жертвами и убийцами. Здесь будущие врачи самых различных специальностей могут увидеть те изменения и повреждения, с которыми, не исключено, что они могут встретиться в своей повседневной практике после окончания университета.
