Лечебная деятельность сотрудников кафедры ведется на клинической базе — в Томской областной клинической больнице. Основные направления клинической деятельности преподавателей кафедры - общая хирургия и сосудистая хирургия.
Сотрудники кафедры проводят обходы в отделениях общей, гнойной и сосудистой хирургии, участвуют в клинических разборах профильных больных, консилиумах, консультациях. Выступают экспертами на патолого-анатомических конференциях, выполняют экстренные и плановые оперативные вмешательства, дежурят по скорой помощи, оказывают высокотехнологичную специализированную помощь по санитарной авиации пациентам города Томска и Томской области.
Обучающиеся участвуют в диагностическом и лечебном процессе в отделениях сосудистой хирургии, торакальной хирургии, отделении проктологии, отделениях общей и гнойной хирургии, выступают на клинических конференциях. В распоряжении обучающихся — современные ультразвуковые аппараты экспертного класса, магнитно-резонансный томограф, компьютерный томограф, ангиоблок (отделение эндоваскулярной хирургии) с современными ангиографическими комплексами.
