Кафедра факультетской хирургии была основана 1 октября 1891 года. Первым заведующим был профессор Николай Афанасьевич Рогович (1855 – 1913), выпускник медицинского факультета Киевского университета. За время его руководства кафедрой клиника располагала 23 койками; было сделано 2130 операций в стационаре и 7309 амбулаторных вмешательств. Опубликовал 6 научных работ.

Вторым заведующим кафедрой в 1909 году стал профессор Владимир Михайлович Мыш (1873-1947), выпускник военно-медицинской академии Санкт-Петербурга. С именем этого учёного связан огромный вклад в создание и развитие Сибирской и отечественной хирургии. В 1901 году его избрали профессором на кафедру хирургической патологии и терапии медицинского факультета Томского университета, а с 1909 по 1930 гг. он заведовал кафедрой факультетской хирургии. Основоположник урологии в Сибири (широко и успешно оперировал на почках, мочевом пузыре, предстательной железе, разработал и внедрил в практику методы диагностики и лечения гематурического нефрита). В 1912 году впервые в России успешно выполнил резекцию печени при альвеолярном эхинококке. Опубликовал 130 научных работ.

В 1930 году руководство кафедрой принял профессор Александр Александрович Опокин (1878 – 1939) – выдающийся представитель национальной школы хирургии. В 1908 году защитил диссертацию по теме «Пневмонии в России» на соискание степени доктора медицины. В 1919 году он был избран профессором кафедры общей хирургии. Александр Александрович является одним из основоположников легочной хирургии в России. Написал ряд учебных пособий, в том числе «Руководство по общей хирургии» в 2 томах; «Очерки по частной хирургии»; «Хирургия военно-полевых ранений» и др. С осени 1940 года кафедру возглавил Петр Семенович Федоров (1895-1959). За время заведования написал монографию «Хирургия околощитовидных желез».

В марте 1948 года на кафедру избирается по конкурсу профессор Воскресенский Владимир Михайлович (1902 – 195), выпускник Ленинградского медицинского института. В Великую Отечественную войну прошел путь от хирурга Медсанбата до главного хирурга группы советских войск в Берлине. Опубликовал 3 монографии, в том числе «Острый панкреатит». 

В сентябре 1949 года заведование кафедрой перешло к доценту Альбицкому Борису Александровичу (1910 – 1984). В 1933 г. Борис Александрович окончил лечебный факультет Томского медицинского института, защитив дипломную работу по теме «Глухой шов брюшной полости при острых воспалительных процессах». С 1938 года аспирант кафедры факультетской хирургии. В 1959 году защитил докторскую диссертацию по теме «К вопросу о гетеротопическом образовании кости и стимуляции костеобразования». Автор 70 научных работ и монографий.

В 1977 г. по конкурсу заведующим кафедрой факультетской хирургии был избран Борис Николаевич Зырянов, выпускник Томского медицинского института, член академии медицинских наук. Основным направлением в работе кафедры становится сосудистая хирургия. Автор нескольких монографий по сосудистой тематике и онкологии.

С 1984 по 2015 год кафедрой заведовал профессор Ивченко Олег Алексеевич. Олег Алексеевич продолжал развивать хирургическую ангиологию. Автор более ста научных работ и 3-х монографий. Подготовил 12 кандидатов медицинских наук и одного доктора медицинских наук. С 2015 года по настоящее время кафедрой заведует Ивченко Андрей Олегович. Научное направление – сосудистая хирургия, применение сплавов на основе никелида титана в сосудистой хирургии, флебология (диагностика и лечение венозных тромбоэмболических осложнений). Является автором более 120 научных статей и монографий, 7 патентов на изобретение. Соавтор руководства к практическим занятиям по "Хирургическим болезням". Подготовил 3 кандидата медицинских наук.