Курс мобилизационной подготовки и медицины катастроф берет свое начало с учреждения в Томском государственном университете в 1926 году должности военного руководителя. Военный руководитель был помощником директора вуза по военной подготовке студентов. Первым военным руководителем ТГУ был назначен корпусный врач Рабоче-крестьянской Красной Армии Кузнецов Александр Яковлевич, в будущем генерал-майор и заместитель министра здравоохранения СССР. В 1931 года штатная должность военного руководителя была упразднена, его функции перешли к начальнику кафедры военных и военно-политических дисциплин.
В разные годы военными руководителями-начальниками кафедры были военврач II ранга Биязи Н.Н., военврач I ранга Никольский Г.К., подполковник медицинской службы Шунько Н.С., генерал-майор медицинской службы Кючарианц А.Г., полковник медицинской службы Гаврилов Г.И., полковник медицинской службы Лаптаков Г.А., полковник медицинской службы Бордзиловский А.Н., полковник медицинской службы Сизоненко И.Н., полковник медицинской службы Мячкин Г.И., полковник медицинской службы Борисов В.И.
В 1993 году в соответствии с приказом Министерства здравоохранения РФ от 28.07.1993 №173 кафедра была переименована в кафедру военной и экстремальной медицины. Начальником кафедры был назначен полковник медицинской службы Гашилов Н.П.