Курс мобилизационной подготовки и медицины катастроф берет свое начало с учреждения в Томском государственном университете в 1926 году должности военного руководителя. Военный руководитель был помощником директора вуза по военной подготовке студентов. Первым военным руководителем ТГУ был назначен корпусный врач Рабоче-крестьянской Красной Армии Кузнецов Александр Яковлевич, в будущем генерал-майор и заместитель министра здравоохранения СССР. В 1931 года штатная должность военного руководителя была упразднена, его функции перешли к начальнику кафедры военных и военно-политических дисциплин.

В разные годы военными руководителями-начальниками кафедры были военврач II ранга Биязи Н.Н., военврач I ранга Никольский Г.К., подполковник медицинской службы Шунько Н.С., генерал-майор медицинской службы Кючарианц А.Г., полковник медицинской службы Гаврилов Г.И., полковник медицинской службы Лаптаков Г.А., полковник медицинской службы Бордзиловский А.Н., полковник медицинской службы Сизоненко И.Н., полковник медицинской службы Мячкин Г.И., полковник медицинской службы Борисов В.И.

В 1993 году в соответствии с приказом Министерства здравоохранения РФ от 28.07.1993 №173 кафедра была переименована в кафедру военной и экстремальной медицины. Начальником кафедры был назначен полковник медицинской службы Гашилов Н.П.

 

В 2010 году кафедра была переименована в кафедру мобилизационной подготовки здравоохранения и медицины катастроф. Руководство кафедрой принял полковник медицинской службы Шперлинг И.С. С 2013 года кафедру возглавлял полковник медицинской службы Кузьмин В.Ю. В 2016 году кафедра мобилизационной подготовки здравоохранения и медицины катастроф вошла в состав кафедры хирургии в виде курса мобилизационной подготовки и медицины катастроф под руководством доктора медицинских наук Андрея Кошеля.

Кафедра хирургии берет начало с курса хирургических болезней факультета усовершенствования специалистов, открытого в 1993 году под руководством выдающегося врача и профессора Георгия Кирилловича Жерлова. В декабре 1997 года факультет был переименован в факультет повышения квалификации и профессиональной переподготовки специалистов (ФПК и ППС). В 2007 году курс хирургических болезней ФПК и ППС был преобразован в кафедру хирургии.

Под руководством профессора Жерлова защищено 13 докторских и 50 кандидатских диссертаций, основана Школа функциональной дигестиологии. Выпущено более 500 публикаций научно-практических работ, 15 монографий, более 70 патентов, 10 методических рекомендаций и пособий для врачей. В 2008 году кафедру возглавил его ученик, профессор Кошель Андрей Петрович. Под его руководством коллектив кафедры продолжил исследования по научному обоснованию, экспериментальной разработке и внедрению в клиническую практику новых технологий в диагностике и лечении заболеваний органов системы пищеварения.

В ноябре 2020 года исполняющим обязанности заведующего кафедры был назначен кандидат медицинских наук Грищенко Максим Юрьевич, главный врач Томского областного онкологического диспансера.

За годы существования кафедра подготовила более 30 тысяч офицеров медицинской службы запаса, сыгравших значительную роль в медицинском обеспечении Красной Армии в годы Великой Отечественной войны 1941-1945 годах, в доукомплектовании военно-медицинской службы в условиях ограниченных военных конфликтов, в накоплении мобилизационного резерва медицинской службы.