Кафедра хирургии с курсом мобилизационной подготовки начиналась с курса хирургических болезней факультета усовершенствования специалистов, открытого в 1993 году под руководством выдающегося врача и профессора Георгия Кирилловича Жерлова.
В декабре 1997 года факультет усовершенствования специалистов переименован в факультет повышения квалификации и профессиональной переподготовки специалистов (ФПК и ППС). В 2007 году курс хирургических болезней ФПК и ППС был преобразован в кафедру хирургии ФПК и ППС.
Под руководством профессора Г.К. Жерлова защищено 13 докторских и 50 кандидатских диссертаций, основана Школа функциональной дигестиологии. Выпущено более 500 публикаций научно-практических работ, 15 монографий, более 70 патентов, 10 методических рекомендаций и пособий для врачей.
В 2008 году кафедру возглавил ученик Г.К. Жерлова - д.м.н., профессор Кошель Андрей Петрович. Под его руководством коллектив кафедры продолжил исследования по научному обоснованию, экспериментальной разработке и внедрению в клиническую практику новых технологий в диагностике и лечении заболеваний органов системы пищеварения.
В ноябре 2020 года исполняющим обязанности заведующего кафедры был назначен к.м.н. Грищенко Максим Юрьевич, главный врач ОГАУЗ «Томский областной онкологический диспансер».
Клиническими базами кафедры являются ОГАУЗ «Томский областной онкологический диспансер», ОГАУЗ «Томская областная клиническая больница», Клиники СибГМУ, ФГБУ СибФНКЦ ФМБА России Северская клиническая больница в г. Северске.
