История кафедры начинается с открытия в 1925 году курса инфекционных болезней. В 1931 г. на его основе была образована кафедра инфекционных болезней. Основателем и первым заведующий кафедрой был профессор Габриэль Францевич Вогралик – выдающийся инфекционист и эпидемиолог Сибири. В 1919 году Габриэль Францевич окончил медицинский факультет Томского университета. В январе 1920 года был избран младшим ассистентом-лаборантом клиники детских болезней и совмещал эту должность с работой заведующего сыпнотифозным отделением Томского окружного военного госпиталя под руководством консультанта госпиталя профессора Павла Васильевича Бутягина. С этого момента началась его научная деятельность и первые публикации в 1924–1925 годах. Он изучал особенности лечения возвратного тифа неосальварсаном, разрабатывал показания и противопоказания к применению этого препарата при данной инфекции. Следующей научной работой Габриэля Вогралика, выполненной под руководством профессора Павла Бутягина в Томском бактериологическом институте, было экспериментальное исследование по лечению сепсиса. В 1924 году Габриэль Францевич успешно защитил диссертационную работу «Желудочно-кишечное пищеварение у детей грудного возраста».
Это было одно из первых исследований в области физиологии детского пищеварения. После защиты диссертации Габриэль Вогралик был назначен старшим ассистентом клиники детских болезней, а в 1925 году направлен в Москву и Ленинград для усовершенствования в области инфекционных болезней. После специализации получил должность приват-доцента, ему были поручены чтение лекций по инфекционным болезням и организация кафедры инфекционных болезней. С 1925 по 1937 год заведовал кафедрой инфекционных болезней.
В 1930 году Габриэль Вогралик стал одним из организаторов санитарного факультета в Томском медицинском институте, а в 1931 году – деканом этого факультета и заведующим учебно-научной части Томского медицинского института. Одновременно организовал и кафедру эпидемиологии, которой он руководил до конца своей жизни. Габриэль Францевич всегда учил тому, что инфекционист должен быть эпидемиологом, а эпидемиолог должен хорошо разбираться в клинике инфекционных болезней.
Этот период был чрезвычайно плодотворным для Габриэля Вогралика в научном плане, им были опубликованы такие важные работы, как «Внутрибольничные заражения и меры борьбы с ними», «Терапия брюшного тифа лизатами брюшнотифозной бациллы», монография «Заболевания тифо-паратифозной группы», «Учение об эпид. заболеваниях: история эпидемий и общая эпидемиология», «Сыпной тиф у детей» и другие.
В 1932 году был назначен директором Томского НИИ эпидемиологии и микробиологии (с 1932 года – Бактериологический институт, с 1937 году – Западно-Сибирский краевой институт эпидемиологии и микробиологии), которому отдал много труда и энергии. В 1936 году ему были присуждены ученая степень доктора медицинских наук и звание профессора без защиты диссертации.
Профессор Вогралик воспитывал и подготовил первых своих сотрудников, из них – Сергей Петрович Карпов, который был крупным ученым, профессором, членом-корреспондентом АМН, заслуженным деятелем науки, и Р.Н. Герцовская, доцент Омского медицинского института. Его учениками также были доцент Виктор Скавинский, который заведовал кафедрой в 1937–1938 годах, доцент Алексей Михайлович Целищев и другие.