Кафедра глазных болезней на медицинском факультете Императорского Томского университета была организована через два года после открытия университета — в 1891 году. Возглавил кафедру и руководил ею до 1903 года профессор Феофил Андреевич Ерофеев.

13 ноября 1892 года профессором Феофилом Ерофеевым была создана глазная клиника на 10 мест, где проводился амбулаторный прием больных. По его инициативе также были сформированы глазные летучие отряды, которые выезжали в округа Томской губернии для оказания офтальмологической помощи.

С 1905 года по 1930 год кафедрой руководил ученик профессора Леонида Георгиевича Беллярминова, профессор Сергей Викторович Лобанов. Он с отличием окончил Военно-медицинскую академию в 1896 году. В 1898 году защитил диссертацию на тему «О влиянии некоторых местных условий на развитие острого бактерийного конъюнктивита и о значении при нем вяжущих средств». После защиты в течение 2 лет с научной целью находился за рубежом, где практиковался в лабораториях профессоров Гесса в Вюрцбурге и Аксенфельда в Ростоке.

Получив звание приват-доцента Военно-медицинской академии в 1902 году, работал в глазной клинике профессора Л.Г. Беллярминова, а в 1905 году был приглашен на работу в Томский университет. В течение 25 лет он возглавлял кафедру и клинику глазных болезней, которые стали подлинным центром глазной помощи в Сибири. В клинике увеличилось число коек, появилось современное оборудование и инструментарий, стали проводиться глазные операции.

После смерти профессора Сергея Лобанова в 1930 году глазной клинике Томского университета было присвоено его имя.

С 1932 по 1967 год кафедрой заведовала профессор Александра Григорьевна Сватикова.

Александра Сватикова окончила медицинский факультет Цюрихского университета (Швейцария). Далее она продолжила медицинское образование в Санкт-Петербургском женском институте. С 1913 году работала ординатором глазного отделения Ростовской городской больницы. В 1915 году прошла ординатуру в глазной клинике Варшавского, позднее Ростовского медицинского института, где позднее работала ассистентом в глазной клинике.

В 1932 году Александра Григорьевна защитила диссертацию на степень доктора медицины по теме «К вопросу о лечении глазных заболеваний гетерогенными белками».

В 1932 году Александра Сватикова избирается заведующей кафедрой глазных болезней Томского медицинского института. Она стала первой женщиной – профессором, возглавившей кафедру глазных болезней в нашей стране. Ею опубликовано более 100 научных исследований по основным проблемам офтальмологии. Под руководством А.Г. Сватиковой выполнена 1 докторская и 13 кандидатских диссертаций.

Александрой Григорьевной проводилась большая профилактическая работа на промышленных предприятиях Кузбасса и Томской области. В годы Великой Отечественной войны она была бессменным консультантом в госпиталях Томска. Неоднократно избиралась депутатом областного Совета депутатов трудящихся. Её деятельность высоко оценена, она награждена Орденом Ленина, медалями, Почетными грамотами. 

В 1967 году кафедру возглавила профессор Мария Григорьевна Сергиева, руководившая ею до 1972 года. 

Мария Григорьевна окончила медицинский факультет Томского государственного университета в 1926 году и поступила в ординатуру на кафедру глазных болезней, после окончания которой работала ассистентом, доцентом, а затем и профессором кафедры. В годы Великой Отечественной войны возглавляла глазное отделение эвакогоспиталя, организованного на базе клиник Томского медицинского университета. За заслуги перед Отечеством награждена орденом «Знак почета» и пятью медалями.

В 1955 году защитила докторскую диссертацию «Исходы огнестрельной травмы глаза». Основное направление научных исследований кафедры глазных болезней в период заведования профессора Сергиевой также было связано с повреждениями органа зрения.

С 1974 по 1994 год заведующим кафедры являлась доктор медицинских наук, профессор, заслуженный врач РСФСР Тамара Ивановна Селицкая. 

Тамара Ивановна окончила Томский медицинский институт в 1950 году, затем - клиническую ординатуру и аспирантуру кафедре глазных болезней нашего института. После успешной защиты кандидатской диссертации с 1957 по 1970 гг. работала ассистентом кафедры глазных болезней Новокузнецкого ГИДУВа. После защиты в 1969 году докторской диссертации «Офтальмологическая патология при атеросклерозе» Тамара Ивановна вернулась в Томск и возглавила кафедру глазных болезней. 

Основное направление научных исследований Тамары Селицкой – сосудистая патология органа зрения. При активном участии Тамары Ивановны клиника глазных болезней расширена до 100 коек, организованы лаборатории электрофизиологии, иммунологии, открыто 2 диагностических кабинета, организованы офтальмотравматологическое и микрохирургическое отделения, дневной стационар. Кафедра глазных болезней ТМИ, в числе первых в Сибири, получила официальное разрешение на проведение операций по имплантации интраокулярных линз.

При сотрудничестве с кафедрой фармакологии и фармакологической химии была доказана возможность применения в клинической практике отечественного препарата флюорената натрия для проведения флюоресцентной ангиографии. Решением Фармкомитета Министерства здравоохранения СССР реактив был разрешен к использованию.

В 1985 году профессору Тамаре Селицкой присуждено звание Заслуженного врача РСФР.

С 1994 по 2016 год кафедрой офтальмологии СибГМУ руководил доктор медицинских наук, профессор Игорь Викторович Запускалов. 

В 1980 году Игорь Викторович окончил Томский медицинский институт по специальности «лечебное дело», прошел свой профессиональный путь от препаратора кафедры глазных болезней ТМИ до заведующего кафедрой офтальмологии СибГМУ.

В 1989 году защитил кандидатскую диссертацию «Регионарная гемодинамика глаза при начальной стадии гипертонической болезни», в 1995 году - докторскую диссертацию «Роль венозных сосудов в регуляции периферического кровообращения».

В 1997 году Игорю Запускалову присуждено ученое звание профессора, в 2003 году присвоена высшая квалификационная категория по специальности «офтальмология».

Профессором Запускаловым подробно изучена роль венозных сосудов в регуляции периферического кровообращения в норме и при артериальной гипертензии, исследовано действие закона Лапласа на гидродинамической модели и динамическое равновесие между растягивающими и сжимающими силами в периферических мышечных артериях., впервые дано теоретическое  объяснение работы «периферического сердца», в соответствии с которым пульсовый объем крови, выбрасываемый сердцем во время систолы, накапливается в периферических мышечных артериях. Предложена оригинальная концепция активной роли венозных сосудов в регуляции периферического кровообращения, рассмотрены новые принципы транскапиллярного обмена веществ между сопряженными сосудистыми системами.

Он впервые изучил взаимосвязь нарушений центральной и регионарной гемодинамики глаза, доказал ведущую роль вен в повышении общего периферического сопротивления сосудов и дал патогенетическое объяснение гипертензивных изменений глазного дна при гипертонической болезни. Все это позволило пересмотреть патогенез многих сердечно-сосудистых заболеваний и, соответственно, найти новые пути их лечения.

Профессор Игорь Викторович Запускалов в операционной

Подготовил 5 докторов и 16 кандидатов медицинских наук. Является автором свыше 450 печатных работ, в том числе 10 монографий, 22 патентов на изобретение, 5 патентов на полезные модели, 5 методических рекомендаций.

В 2001 году Игорь Викторович награжден почетной грамотой Государственной Думы Томской области, в 2007 году – почетной грамотой Министерства здравоохранения РФ. В 2008 году на интернациональном конгрессе EUROMEDICA в Hannover (Germany) за научные успехи избран почетным профессором Европейской академии естественных наук и награжден памятной медалью Р. Коха, в 2009 году – вручена медаль А. Швейцера. В 2009 году за активную научную деятельность награжден Почетной грамотой Американской ассоциации офтальмологов.

С 1994 году на кафедре офтальмологии СибГМУ открыт курс усовершенствования врачей-офтальмологов. Ежегодно на курсе проводится 7-10 циклов усовершенствования и специализаций. За период работы курса около 1000 врачей из разных регионов России. За период работы курса было проведено несколько выездных циклов в городах: Кемерово, Улан-Удэ, Новосибирск, Нижневартовск, Сургут, Магадан. Сотрудники курса ФПК и ППС постоянно оказывают помощь практическому здравоохранению.

С 2016 год по настоящее время кафедрой офтальмологии руководит профессор, доктор медицинских наук Кривошеина Ольга Ивановна. Область научных интересов Ольги Ивановны – исследование особенностей гемодинамики глазного яблока в норме и патологии, изучение механизмов развития и прогрессирования пролиферативной ткани в полости глазного яблока при различной патологии органа зрения, а также клеточные технологии лечения офтальмопатологии.