В 1919 году на базе бактериологического института была открыта первая в Сибири кафедра микробиологии, которую возглавил профессор Павел Бутягин. Приоритетным направлением в деятельности кафедры явилась подготовка врачей-бактериологов для нужд здравоохранения. Научные исследования этого периода касались вопросов общей микробиологии, эпидемиологии, изучения специфического лечения и профилактики инфекционных заболеваний.
Павел Бутягин создал первую школу микробиологов в Сибири. Под его руководством начали работу многие выдающиеся микробиологи страны, в том числе будущий Президент АМН СССР академик Владимир Тимаков, академики AMH СССР Анатолий Смородинцев, Сергей Карпов и другие известные ученые.
После отъезда Павла Бутягина в Новосибирск в 1931 году, где он стал заведовать кафедрой микробиологии в Новосибирском медицинском институте, руководство кафедрой принял профессор Иван Ломакин. В этот период сотрудники кафедры изучали вопросы лабораторной диагностики брюшного тифа, серотерапии бешенства, фаготерапии и фагопрофилактики инфекционных заболеваний.
Иван Родионович внес положительные элементы в учебный процесс, продолжил научные традиции, заложенные профессором Павлом Бутягиным, подготовил одного кандидата наук, активно помогал органам здравоохранения в борьбе с эпидемическими болезнями.
Иван Родионович занимался исследованием санитарно-эпидемиологического состояния районов Кузбасса и борьбой с брюшным тифом. Неоднократно выезжал на ликвидацию вспышек инфекционных болезней. Изучал серотерапию бешенства, протеазу бацилла X19 и реакцию на нее со стороны крови больных сыпным тифом, осложнения применения антирабической вакцины Fermi, активную иммунизацию против дифтерии, заразность слюны бешеных животных. Иван Ломакин 6 лет возглавлял кафедру микробиологии Томского медицинского института.
В 1937 году заведующим кафедрой был назначен Сергей Карпов, который работал в этой должности в течение 40 лет. В эти годы на кафедре был создан музей живых культур, разработаны учебные пособия, организован студенческий научный кружок, в котором начали свой путь в науку многие научные работники и преподаватели.