Кафедра фармакологии создана в 1891 году на медицинском факультете Императорского Томского университета.
В апреле 1890 года заведующим кафедрой фармакологии и экстраординарным профессором ученый совет Томского университета избрал Ивана Петровича Павлова. Великий русский физиолог писал: «… счел бы для себя счастливым, если бы Сибирский университет приютил меня в своих стенах. Надеюсь, что и я, со своей стороны, не остался бы у него в долгу». Вскоре он получил приглашение возглавить кафедру фармакологии в Военно-медицинской академии Санкт-Петербурга. В Томск Иван Павлов не приезжал. Лекции студентам читал профессор по кафедре фармации и фармакогнозии Эдуард Александрович Леман.
Организатором первой в Сибири кафедры фармакологии с рецептурой, токсикологией и учением о минеральных водах стал профессор Павел Васильевич Буржинский. Он возглавлял кафедру в 1891–1908 годы. До приезда в Томск он в 1887 г. защитил в ВМА докторскую диссертацию «Материалы к диететике острых вкусовых веществ», занимался научными исследованиями в лучших лабораториях и клиниках Европы. Смог за короткое время создать фармакологическую лабораторию для занятий со студентами и научных исследований. Уже через год в печати появились труды новой кафедры. Павел Буржинский установил химическое строение сердечного гликозида обвойника греческого, особенности кардиотонического и антиаритмического эффектов сердечных гликозидов. До настоящего времени сохранило значение предложенное Павлом Васильевичем выделение в картине отравления сердечными гликозидами переходной и токсической стадий.
Павел Буржинский был выдающимся лектором. Он читал лекции студентам, используя нетрадиционный в то время химический, а фармакотерапевтический принцип изложения материала. Лекции сопровождались экспериментами на животных – демонстрировалось действие на кровообращение, дыхание, функции почек и центральной нервной системы наркозных, судорожных, обезболивающих, сердечных средств. Конспекты лекций выдержали несколько изданий и являются образцом краткого учебника по фармакологии. Несколько раз в течение учебного года профессор устраивал вечерние занятия для проведения длительных и сложных экспериментов.