Кафедра фармакологии создана в 1891 году на медицинском факультете Императорского Томского университета.

В апреле 1890 года заведующим кафедрой фармакологии и экстраординарным профессором ученый совет Томского университета избрал Ивана Петровича Павлова. Великий русский физиолог писал: «… счел бы для себя счастливым, если бы Сибирский университет приютил меня в своих стенах. Надеюсь, что и я, со своей стороны, не остался бы у него в долгу». Вскоре он получил приглашение возглавить кафедру фармакологии в Военно-медицинской академии Санкт-Петербурга. В Томск Иван Павлов не приезжал. Лекции студентам читал профессор по кафедре фармации и фармакогнозии Эдуард Александрович Леман.

Организатором первой в Сибири кафедры фармакологии с рецептурой, токсикологией и учением о минеральных водах стал профессор Павел Васильевич Буржинский. Он возглавлял кафедру в 1891–1908 годы. До приезда в Томск он в 1887 г. защитил в ВМА докторскую диссертацию «Материалы к диететике острых вкусовых веществ», занимался научными исследованиями в лучших лабораториях и клиниках Европы. Смог за короткое время создать фармакологическую лабораторию для занятий со студентами и научных исследований. Уже через год в печати появились труды новой кафедры. Павел Буржинский установил химическое строение сердечного гликозида обвойника греческого, особенности кардиотонического и антиаритмического эффектов сердечных гликозидов. До настоящего времени сохранило значение предложенное Павлом Васильевичем выделение в картине отравления сердечными гликозидами переходной и токсической стадий. 

Павел Буржинский был выдающимся лектором. Он читал лекции студентам, используя нетрадиционный в то время химический, а фармакотерапевтический принцип изложения материала. Лекции сопровождались экспериментами на животных – демонстрировалось действие на кровообращение, дыхание, функции почек и центральной нервной системы наркозных, судорожных, обезболивающих, сердечных средств. Конспекты лекций выдержали несколько изданий и являются образцом краткого учебника по фармакологии. Несколько раз в течение учебного года профессор устраивал вечерние занятия для проведения длительных и сложных экспериментов. 

 В 1908–1951 годах кафедрой руководил академик АМН СССР, заслуженный деятель науки РСФСР, лауреат Государственной премии Николай Васильевич Вершинин. Во время Первой мировой войны Николай Вершинин занимался разработкой методов защиты от боевых отравляющих веществ, неоднократно выезжал на фронт. Обогатил медицину оригинальными идеями и концепциями о механизме действия лекарственных средств и новыми препаратами. После защиты докторской диссертации «Материалы к учению о ядовитости нормальной мочи человека» (1904). Николай Васильевич добровольно принял участие в русско-японской войне. В Мукдене он работал врачом военного госпиталя, затем возглавлял химическую и бактериологическую службы всех госпиталей Маньчжурии. Николай Васильевич считал, что «в настоящее тяжелое для России время мы, врачи, должны оставить свои обычные занятия и быть там, где льется кровь и раздаются стоны. Наш долг  по мере сил и умения облегчить страдания людей на поле битвы и тем самым быть полезными в кровавом бою».


Диплом лауреата Государственной (Сталинской) премии Н.В. Вершинина (1947)

Свое научное творчество он посвятил созданию лекарственных препаратов на основе флоры Сибири и изучению сибирской камфоры. В 1921 году Николай Вершинин предложил заменить дефицитную западноевропейскую наперстянку пурпуровую отечественным растением наперстянкой крупноцветковой.

Значительный вклад Николая Васильевича и его учеников профессоров Константина Станиславовича Шадурского, Евгении Михайловны Думеновой, Альберта Самойловича Саратикова в здравоохранение связан с созданием и исследованием лечебного действия и токсикологии отечественной левовращающей камфоры из эфирного масла пихты сибирской. В 1936 году наша страна смогла освободиться от импорта дорогостоящей японской камфоры.

В годы Великой Отечественной войны Николай Вершинин продолжил изыскание сибирских лекарственных растений взамен растений, распространенных на оккупированной Европейской части СССР. «Поводом к настойчивому экспериментальном фармакологическому изучению лекарственных растений является, – писал Н.В. Вершинин, – богатство сибирской флоры такими растениями, которые издавна применяются народной медициной, и постоянное стремление помочь стране в тех случаях, когда она испытывает острый недостаток в лечебных средствах». За короткий срок в медицинскую практику вошли эффективные отхаркивающие (термопсис, синюха, сенега, чина), седативные (пустырник, шлемник байкальский), желчегонные (пижма, володушка), вяжущие (кровохлебка, бадан, змеевик), сердечные (эризид из желтушника) средства. За успешное изучение и внедрение в клиническую медицину препаратов из растений Сибири Николай Васильевич первым из советских фармакологов вместе с ботаником Виктором Владимировичем Ревердатто и терапевтом Дмитрием Дмитриевичем Яблоковым в 1947 году был удостоен Государственной премии. В 1949 году Николая Вершинина избрали академиком АМН СССР. Учебник Николая Васильевича «Фармакология как основа терапии» выдержал 11 изданий.В учебнике окончательно утвердился фармакотерапевтический принцип классификации лекарственных средств, представлены оригинальные сведения о механизме их действия и применении, основанные на собственных экспериментальных и клинических исследованиях автора и его учеников. 

С 1926 года кафедра называлась кафедрой фармакологии с фармацевтической химией, токсикологией и рецептурой, с 1930 года – кафедрой фармакологии.

В 1951–1970 годах кафедрой фармакологии заведовала профессор Евгения Михайловна Думенова. Она занималась изучением лечебного действия сибирских лекарственных растений и противошокового влияния камфоры. Евгения Михайловна впервые в нашей стране применила внутривенное капельное вливание лекарственных средств. Препарат сибирской камфоры для введения в вену при шоке получил название «противошоковая жидкость Думеновой» и широко применялся на фронтах Великой Отечественной войны. Изученный Евгенией Думеновой барбитурат бензобарбитал (бензонал) до настоящего времени используется для лечения эпилепсии. Блестящие лекции профессора студенты называли «поэмой о фармакологии».

В 1970–2002 годах кафедру фармакологии возглавлял заслуженный деятель науки РФ профессор Альберт Самойлович Саратиков. Научное творчество профессора Саратикова и его учеников посвящено разработке, экспериментальному изучению и внедрению в медицинскую практику новых лекарственных средств растительного и синтетического происхождения. Он впервые установил механизм кардиотонического действия камфоры, предложил заменить камфору, получаемую из пихты, на более доступную камфору из соснового скипидара. Альберт Самойлович стал автором известных лекарственных средств – психостимуляторов-адаптогенов левзеи и родиолы розовой, желчегонных средств из пижмы и володушки, гепатопротектора максара, противовирусного индуктора интерферона йодофеназона. Альберт Саратиков провел фундаментальные исследования механизмов образования желчи, предложил новые технологии и методы лечения нарушений мозгового кровообращения, обосновал необходимость их дифференцированной терапии в зависимости от стадии патологического процесса.

С 2002 г. кафедрой фармакологии заведует ученик Альберта Самойловича Саратикова и Евгении Михайловны Думеновой заслуженный работник высшей школы РФ профессор Александр Исаакович Венгеровский, автор исследований по фармакологии лекарственных средств, влияющих на функции печени, эндотелийпротективных и противовоспалительных средств. Александр Исаакович окончил ТМИ по специальности «Лечебное дело» с отличием в 1975 году. После окончания университета Александр Венгеровский продолжил обучение в аспирантуре на кафедре фармакологии, на которой затем прошел путь от ассистента до заведующего кафедрой (с 2002 года). 

Александра Исааковича знает каждый студент, а его учебное пособие «Фармакология. Курс лекций» получило премию как лучшее учебное издание для студентов, обучающихся по специальности «Лечебное дело». В 2021 году Александр Исаакович создал учебник по фармакологии для российских медвузов, который был опубликован в одном из крупнейших российских медицинских издательств «ГЭОТАР-Медиа» (Москва).

Под руководством Александра Венгеровского в СибГМУ были открыты три новых специальности — «Клиническая психология», «Экономика и управление на предприятии (в здравоохранении)», «Социальная работа», начато обучение по специальности «Стоматология», в учебный процесс внедрены информационные технологии.