Кафедра основана в 1936 году для преподавания на санитарном факультете. С организацией педиатрического факультета был изменен профиль для преподавания хирургии на педиатрическом, а затем военно-медицинском факультетах. Заведовали кафедрой с 1936 по 1961 годы профессор Константин Николаевич Черепнин, с 1961 по 1968 годы — профессор Ангелина Гавриловна Серебрякова.
Константин Черепнин обладал большим практическим опытом в вопросах хирургии, хирургии неотложных состояний в частности (вмешательства при ранениях печени, завороте кишок, перитоните, перфоративной язве желудка и двенадцатиперстной кишки, грыжесечении у детей и др.).Его работы цитировались отечественными и зарубежными авторами.
С приходом на кафедру профессора Ангелины Серебряковой проводились работы по хирургии органов пищеварения. Также Ангелиной Гавриловной было подготовлено 5 кандидатов наук.
С 1969 по 2001 год кафедрой руководил академик Российской Академии Естественных Наук, Лауреат Государственной Премии Российской Федерации, заслуженный деятель науки Российской Федерации, профессор Борис Ильич Альперович.