Экспонируемые в музее и находящиеся в его фондах предметы являются неотъемлемой частью проводимых научных исследований по истории медицины и истории кафедральных научных школ СибГМУ. Для изучения и описания собранных материалов привлекаются студенты, сотрудники кафедр и научно-медицинской библиотеки СибГМУ, волонтеры.
В музее проводится изучение и научное описание музейных предметов, проведение научных исследований при подготовке докладов для студенческих кружков, конференций и общественных мероприятий. Поисковая работа в фондах музея проводится также для оформления разноплановых выставок и публикаций.
Сотрудники музея, занимаясь изучением истории СибГМУ, принимают участие в подготовке научных изданий. Среди них: «Профессора Императорского Томского университета», трехтомный труд «Истории ИТУ - ТМИ - СибГМУ с 1888 по 2020 гг.» и другие. Эта работа проводится вместе с преподавателями кафедр, сотрудниками издательства и научно-медицинской библиотеки СибГМУ. Музей истории кафедральных научных школ сотрудничает в рамках научно-исследовательской деятельности с экскурсионно-просветительским центром Томского государственного университета, комплексом музеев Томского политехнического университета, Томским областным краеведческим музеем им. М.Б. Шатилова, Томским областным художественным музеем, Центром документации новейшей истории Томской области, Государственным архивом Томской области.