Кафедра факультетской хирургии была основана 1 октября 1891 года. Первым заведующим был профессор Николай Афанасьевич Рогович (1855 – 1913), выпускник медицинского факультета Киевского университета. За время его руководства кафедрой клиника располагала 23 койками; было сделано 2130 операций в стационаре и 7309 амбулаторных вмешательств. Опубликовал 6 научных работ.
Вторым заведующим кафедрой в 1909 году стал профессор Владимир Михайлович Мыш (1873-1947), выпускник военно-медицинской академии Санкт-Петербурга. С именем этого учёного связан огромный вклад в создание и развитие Сибирской и отечественной хирургии. В 1901 году его избрали профессором на кафедру хирургической патологии и терапии медицинского факультета Томского университета, а с 1909 по 1930 гг. он заведовал кафедрой факультетской хирургии. Основоположник урологии в Сибири (широко и успешно оперировал на почках, мочевом пузыре, предстательной железе, разработал и внедрил в практику методы диагностики и лечения гематурического нефрита). В 1912 году впервые в России успешно выполнил резекцию печени при альвеолярном эхинококке. Опубликовал 130 научных работ.