Современная кафедра стоматологии основана в 2006 году параллельно с открытием стоматологического отделения лечебного факультета. 

Первая за Уралом зубоврачебная школа была открыта в 1903 году в Томске. В 1925 году была основана кафедра одонтологии на медицинском факультете Томского государственного университета. Тогда кафедрой заведовал профессор Сергей Андреевич Смирнов. В 1935 году был открыт Томский государственный стоматологический институт. Стоматологический факультет просуществовал до 1952 году и был закрыт из-за отсутствия надлежащих учебных баз. Вместо стоматологического отделения осталось 10 стоматологических коек при хирургическом отделении Городской больницы № 1, а в 1968 году их число увеличилось до 20-ти (10 коек в хирургическом отделении и 10 - в травматологическом отделении). 

Стоматологическая клиника за годы Великой Отечественной войны сменила пять адресов. С 1942 по 1952 гг. стоматологический факультет окончили 11 выпусков из 600 врачей-стоматологов. В декабре 1942 года в связи с Великой Отечественной войной выпуск стоматологов был досрочный - со сроком обучения 3,5 года. 

Первая за Уралом зубоврачебная школа была открыта в 1903 году в Томске. В 1925 году была основана кафедра одонтологии на медицинском факультете Томского государственного университета. Тогда кафедрой заведовал профессор Сергей Андреевич Смирнов. В 1935 году был открыт Томский государственный стоматологический институт. Стоматологический факультет просуществовал до 1952 году и был закрыт из-за отсутствия надлежащих учебных баз. Вместо стоматологического отделения осталось 10 стоматологических коек при хирургическом отделении Городской больницы № 1, а в 1968 году их число увеличилось до 20-ти (10 коек в хирургическом отделении и 10 - в травматологическом отделении). 

Стоматологическая клиника за годы Великой Отечественной войны сменила пять адресов. С 1942 по 1952 гг. стоматологический факультет окончили 11 выпусков из 600 врачей-стоматологов. В декабре 1942 года в связи с Великой Отечественной войной выпуск стоматологов был досрочный - со сроком обучения 3,5 года. 


В 1951 г. была создана кафедра стоматологии, включавшая кафедры терапевтической стоматологии, ортопедической стоматологии и хирургической стоматологии. С 1952 г. кафедра преобразована в курс стоматологии при кафедре хирургической клиники санитарно-гигиенического факультета. После ликвидации факультета в 1961 году курс стоматологии был передан кафедре хирургии педиатрического факультета, а в 1968 г. - кафедре госпитальной хирургии. С сентября 1977 г. курс стоматологии выделен в самостоятельный, а затем в 1987 г. объединен с кафедрой оториноларингологии. С сентября 2000 г. был открыт факультет повышения квалификации и профессиональной переподготовки почти по всем дисциплинам стоматологии: терапевтической, хирургической, ортопедической, ортодонтической.

Заведующим кафедрой в сентябре 2006 г. стал доктор медицинских наук, профессор Тазин Иван Дмитриевич. С сентября 2007 года по настоящее время кафедрой заведует Ольга Дмитриевна Байдик. 

С 1952 года кафедра стоматологии преобразована в курс стоматологии при кафедре хирургической клиники санитарно-гигиенического факультета. С 1959 года курс преподавался при кафедре хирургических болезней педиатрического факультета студентам лечебного, педиатрического и военно-медицинского факультетов. Заведовала курсом ассистент Мария Александровна Баяндурова. После ликвидации санитарно-гигиенического факультета в 1961 году курс стоматологии был передан кафедре хирургии педиатрического факультета, а в 1968 году - кафедре госпитальной хирургии. 

С сентября 1977 года курс стоматологии был выделен в самостоятельный. С 1987 года курс стоматологии объедили с кафедрой оториноларингологии. С сентября 2000 г. был открыт факультет повышения квалификации и профессиональной переподготовки почти по всем дисциплинам стоматологии: терапевтической, хирургической, ортопедической, ортодонтической. С 1963 по 1975 гг. заведовала курсом стоматологии ассистент М.М. Дербина, с 1975 по январь 1976 гг. — ассистент М.А. Орленко, с января 1976 по 1981 гг. - доцент Владимир Кузьмич Поленичкин (в настоящее время он заведует кафедрой хирургической стоматологии и челюстно-лицевой хирургии Новокузнецкого ГИДУВа). С 1981 по 1983 гг. курсом руководила ассистент М.А. Орленко, с 1983 по 2004 гг. - доцент П.A. Панов.

Заведующим кафедрой в сентябре 2006 года стал доктор медицинских наук, профессор Тазин Иван Дмитриевич. С сентября 2007 года по настоящее время кафедрой заведует доктор медицинских наук, доцент Ольга Дмитриевна Байдик.