Кафедра иммунологии и аллергологии СибГМУ была открыта приказом Министерства здравоохранения РСФСР 27 декабря 1985 года. Это была вторая в России кафедра такого профиля после кафедры иммунологии Второго Московского медицинского института (ныне Российского медицинского университета). Её основателем и первым заведующим стал академик Николай Владимирович Васильев – известный в стране учёный с энциклопедическими знаниями, многогранными интересами в самых разных областях науки, философ, гражданин и патриот своей страны. Его личность, идеи, мысли, философия до сих пор в памяти всех людей, кто его знал и старшего поколения сотрудников кафедры.
Кафедра стояла у истоков практического внедрения с 1993 года в Томске новой врачебной специальности – «Аллергологии и иммунологии».
90-е годы прошли для кафедры в постоянной борьбе за существование и отстаивании важности предмета для медицинского образования. Сейчас это трудно представить, но тогда находились коллеги, которые отрицали иммунологию как науку, считали её полностью бесполезной и слишком сложной для будущих врачей. Такое положение в прошлом было характерно в целом для многих молодых кафедр и специальностей. Коллеги-иммунологи по всей стране говорили о трудной судьбе иммунологии, которая официально вошла в рабочие планы на врачебных факультетах только с 2011 года.
