Отдел обеспечивает ведение в университете мобилизационной подготовки и мобилизации, в том числе:
- осуществляет мобилизационное планирование, разрабатывает мероприятия по переводу университета на работу в условиях военного времени;
- планирует и выполняет мероприятия по воинскому учету;
- обеспечивает создание трудовых ресурсов для работы университета в условиях военного времени, ведет бронирование пребывающих в запасе работников и обучающихся,
- взаимодействует по данному направлению с Минздравом России, исполнительными органами государственной власти региона, военными комиссариатами г. Томска и Томской области