Медико-фармацевтический колледж образован в сентябре 1924 года и был открыт как Томская фармацевтическая школа на средства Губернского отдела профессионально-технического образования. Первым директором Томской фармацевтической школы стал Вячеслав Антонинович Шишов - инициатор фармацевтического образования в Сибири и на Дальнем Востоке. Сначала здание будущего медико-фармацевтического колледжа располагалось по ул. Белинского, 50, а с 1925 года – по ул. Кирова, 34. Первый набор составил 100 человек, первый выпуск специалистов состоялся в 1927 году. В начальные годы работы фармшколы занятия в основном проводили преподаватели Томского государственного университета и технологического института. Многие из них - заслуженные деятели науки: Александров Николай Александрович - профессор, преподавал фармацию и фармакогнозию, Шишкин Борис Константинович - член-корреспондент Академии Наук СССР, преподавал ботанику. Кулев Леонид Петрович - доктор химических наук, преподавал неорганическую химию. Рузский Михаил Дмитриевич заслуженный деятель науки, профессор-доктор биологических наук, преподавал общую биологию. В разные годы колледж имел различные названия. В годы Великой Отечественной войны он был Томской фармацевтической школой. Несмотря на военное время, колледж продолжал функционировать как образовательное учреждение, многие преподаватели и учащиеся отправились на фронт. Более 125 выпускников колледжа с достоинством служили Родине. В 1954 году Томская фармацевтическая школа была переименована в фармацевтическое училище, а с 1993 года в медико-фармацевтический колледж. C первого января 2012 года медико-фармацевтический колледж, включен в состав ФГБОУ ВО СибГМУ Минздрава России в качестве структурного подразделения. В 1981 году в училище было открыто отделение Сестринское дело, в 1984 году - отделение Лабораторная диагностика, в 1994 – состоялся первый набор студентов с ограниченными возможностями по зрению на специальность «Сестринское дело» с присвоением квалификации медицинская сестра по массажу. С 2012 года колледж возглавляет Тамара Геннадьевна Герасина.
