История и организация фармацевтического дела преподавалась студентам на кафедре технологии лекарств с 1941 года, когда в Томском медицинском институте был создан фармацевтический факультет. Кафедра как структурное подразделение фармацевтического факультета была организована в 1966 году. Первым заведующим и организатором кафедры была преподаватель кафедры, практический работник, заведующая аптекой, доцент Зотова М.И. 

Обучение на кафедре строилось на истории фармации, основах медицинского товароведения, правовых основах и экономике фармации. Научные интересы коллектива кафедры были связаны с проблемами поиска и изучения активных веществ из лекарственного растительного сырья Сибири. Большое внимание уделялось внеучебной работе со студентами, организована деятельность научного студенческого кружка, защита дипломных работ. 

Первыми преподавателями были доценты Гибельгауз Э.И. и Гольд Л.И., старшие преподаватели Пешехонова Р.И. и Колесникова Н.С. и выпускница факультета Каракулова Е. В. С 1983 года кафедру возглавлял доцент Юрий Музыра — ученик профессора Т.И. Тольцман. Коллектив кафедры принимал активное участие в формировании новых учебных планов подготовки специалистов и сертификации провизоров в РФ. Социально-экономические преобразования побудили коллектив кафедры к созданию новой материальной основы и методической базы учебного процесса, которые были утрачены в связи с новой социальной парадигмой в стране.

Доцент Юрий Музыра с сотрудниками кафедры стали соавторами новой учебной программы по специальности “Управление и экономика фармации”, а также оригинальной программы по медицинскому и фармацевтическому товароведению. Научным направлением коллектива кафедры становится  фармацевтическая эконометрика. Проводятся исследования методических основ по конкурентоспособности фармацевтических организаций.

В настоящее время кафедра управления и экономики фармации сотрудничает с аптечными организациями, ведет обучение студентов, ординаторов и профессиональную переподготовку практикующих фармацевтических специалистов. С 2018 года кафедрой заведует доктор биологических наук, доцент Александр Ратькин.