Современная кафедра стоматологии основана в 2006 году параллельно с открытием стоматологического отделения лечебного факультета.
Первая за Уралом зубоврачебная школа была открыта в 1903 году в Томске. В 1925 году была основана кафедра одонтологии на медицинском факультете Томского государственного университета. Тогда кафедрой заведовал профессор Сергей Андреевич Смирнов. В 1935 году был открыт Томский государственный стоматологический институт. Стоматологический факультет просуществовал до 1952 году и был закрыт из-за отсутствия надлежащих учебных баз. Вместо стоматологического отделения осталось 10 стоматологических коек при хирургическом отделении Городской больницы № 1, а в 1968 году их число увеличилось до 20-ти (10 коек в хирургическом отделении и 10 - в травматологическом отделении).
Стоматологическая клиника за годы Великой Отечественной войны сменила пять адресов. С 1942 по 1952 гг. стоматологический факультет окончили 11 выпусков из 600 врачей-стоматологов. В декабре 1942 года в связи с Великой Отечественной войной выпуск стоматологов был досрочный - со сроком обучения 3,5 года.